Capítulo 1 - Las 8 preguntas más importantes que debe plantear a su proveedor de metabolómica

1. ¿Cuántos metabolitos se pueden detectar?

Cuando se trata de investigación metabolómica, no todos los datos son iguales. El éxito de su estudio está directamente relacionado con el número de metabolitos que puede detectar y si esos metabolitos son apropiados para su pregunta de investigación.

Tanto si está interesado en utilizar la metabolómica global, no dirigida, para obtener una imagen amplia de todos los metabolitos presentes en sus muestras, como si está interesado en utilizar la metabolómica dirigida para detectar metabolitos concretos de interés para su investigación, es importante trabajar con un proveedor que disponga de una amplia gama de ensayos adecuados y fácilmente disponibles, capaces de detectar un gran número de metabolitos. Dependiendo de su investigación, es posible que también desee trabajar con un proveedor que facilite el diseño de ensayos personalizados.

Con una completa base de datos interna de más de 5.400 metabolitos biológicamente relevantes, Metabolon no tiene rival en cuanto al número de compuestos -incluidos metabolitos microbianos- que puede identificar con precisión en sus estudios. Además, nuestros paneles específicos y personalizados pueden responder a cualquier pregunta de investigación que desee explorar. Nuestros expertos en metabolómica con formación de doctorado trabajan con usted para identificar y, si es necesario, desarrollar el panel o paneles adecuados para avanzar en su investigación.

2. ¿Qué tecnología metabolómica utiliza?

Para obtener datos sobre metabolitos se utilizan dos tecnologías principales: la resonancia magnética nuclear (RMN) y la cromatografía líquida-espectrometría de masas (CL-EM). El método que se utilice influye directamente en los resultados.

Aunque la RMN es un método excelente para la metabolómica no dirigida, la LC-MS es mucho más sensible que la RMN y resulta especialmente adecuada para los análisis de metabolómica dirigida^.1 La LC-MS puede medir miles de metabolitos a la vez y a menudo se utiliza para analizar diferentes clases de metabolitos de la misma muestra, con lo que se consigue una cobertura más amplia del metaboloma^.2 Las técnicas LC-MS disponibles en la actualidad son increíblemente sensibles y precisas y ofrecen una alta resolución de masas, lo que significa que más del 80% de las vías presentes en la base de datos KEGG pueden detectarse mediante este método^.3 La sensibilidad de la LC-MS también la convierte en una herramienta excepcional para la investigación en medicina de precisión, que a menudo requiere una identificación y cuantificación precisas y exactas de biomarcadores específicos (incluidos metabolitos derivados de microbiomas) y la caracterización de interacciones metabolito-fármaco.

La tecnología LC-MS patentada de Metabolones la mejor de su clase, ya que detecta más metabolitos únicos que cualquier otra tecnología disponible. Nuestros productos han sido utilizados por varios clientes para avanzar en la investigación de la medicina de precisión. Por ejemplo, una empresa farmacéutica líder utilizó esta tecnología para desarrollar una estrategia de dosificación más eficaz y rediseñar su ensayo clínico para llevar su terapéutico basado en microbiomas (SER-109), que había fracasado en ensayos clínicos de fase II, a un ensayo de fase III con éxito. El SER-109 está a punto de convertirse en el primer fármaco terapéutico basado en microbiomas aprobado por la FDA.

3. ¿Cuál es su flujo de trabajo metabolómico?

Todos los estudios metabolómicos siguen el mismo flujo de trabajo básico: diseño del estudio, preparación y manipulación de muestras, producción de datos e interpretación y visualización de datos. La forma en que el proveedor con el que trabaje aborde cada uno de estos aspectos puede ser decisiva para su estudio. Además, la forma en que un proveedor le entrega los datos es un aspecto fundamental, junto con la comunicación a lo largo de todo el proceso.

4. ¿Ayudan en el diseño de estudios metabolómicos?

Un resultado de investigación controlado y perspicaz depende en gran medida de la calidad de la preparación de su estudio. Cada estudio en Metabolon comienza con una consulta individual para evaluar plenamente los objetivos de investigación del cliente. A continuación, el equipo de Metabolon trabaja para garantizar tres componentes principales: un objetivo claramente definido, sólidos elementos de diseño del estudio y una potencia de estudio adecuada.

Nuestros más de 20 años de experiencia optimizando protocolos y trabajando con cientos de tipos de muestras, combinados con nuestra biblioteca de referencia que contiene más de 5.400 metabolitos, significa que estamos totalmente equipados para ayudarle a diseñar su estudio, recoger las muestras adecuadas de la forma correcta y obtener datos de la mayor calidad posible con respuestas significativas y definitivas a sus preguntas de investigación.

5. ¿Cómo deben prepararse las muestras de metabolómica?

Como se explica con más detalle en el capítulo 4 de esta guía, existen varios tipos de muestras que pueden analizarse mediante protocolos metabolómicos. La fuente de muestra que utilice dependerá de su objetivo de investigación, y cada tipo de muestra requiere una manipulación y preparación diferentes. Es fundamental que el proveedor con el que trabaje haya trabajado antes con su(s) tipo(s) de muestra(s) para garantizar una manipulación y un procesamiento precisos y una generación de datos de alta calidad.

Metabolon le simplifica este paso con nuestro kit de manipulación de muestras Study Success personalizado específicamente para su estudio. Con el kit, incluimos tubos con códigos de barras específicos para su matriz (es decir, biofluidos, muestras sólidas o gránulos celulares) con instrucciones para enviarnos sus muestras por correo para garantizar que lleguen de forma segura.

Hemos realizado más de 10.000 estudios metabolómicos con muestras recogidas de más de 100 especies y 500 estados patológicos. Independientemente del tipo de muestra que nos envíe, tenemos la experiencia necesaria para extraer datos de la mayor calidad posible.

6. ¿Qué tipo de interpretación y visualización de datos metabolómicos ofrecen?

La interpretación de los datos suele ser la parte más difícil de cualquier proyecto de metabolómica. Los instrumentos no producen resúmenes fáciles de leer con bellos gráficos; en su lugar, se obtienen tablas con un sinfín de columnas y valores que hay que transformar en perspectivas comprensibles utilizando cualquiera de las numerosas herramientas de software disponibles (algunas de ellas gratuitas, otras no). Si nadie de su equipo está formado en el análisis de datos metabolómicos, es posible que no confíe en su interpretación y la probabilidad de que se pierdan observaciones importantes y procesables es alta.

Trabajando con Metabolon, nunca se quedará a oscuras cuando se trate de interpretar sus datos. Los paneles Discovery vienen con acceso continuo al portal MyMetabolon , donde puede acceder a la interpretación personalizada de nuestros directores de estudio con nivel de doctorado, las pruebas estadísticas que realizaron y las visualizaciones de datos totalmente personalizables. Y aunque los paneles específicos no tienen el mismo análisis estadístico y visualización que los paneles globales, proporcionamos una tabla de datos formateada que está lista para la importación y el análisis con herramientas de terceros como R y Python.

7. ¿Cómo se entregan los resultados de la metabolómica?

Incluso si el proveedor con el que trabaja le ayuda en la interpretación y el análisis de los datos -y especialmente si no lo hace- querrá asegurarse de que los datos que le envían se prestan a un análisis sencillo. Por cada estudio que realice con Metabolon, recibirá una tabla de datos del cliente (CDT) que contiene todos los datos de metabolitos en un formato que es fácil de importar y exportar. Puede analizar fácilmente estos datos con R, Python, y muchos otros programas.

A lo largo de todo el proceso, desde el diseño del estudio hasta la entrega de datos, los científicos Metabolon trabajan con usted para garantizar que obtenga respuestas significativas a sus preguntas de investigación. Le ayudamos a diseñar su estudio, trabajamos con usted para crear paneles personalizados si es necesario, tenemos los conocimientos necesarios para trabajar con cualquier tipo de muestra que nos envíe, y tenemos la experiencia científica para identificar ideas profundas en sus datos y colaborar con usted para analizar sus datos y avanzar en su investigación.

8. ¿Cuáles son sus normas de calidad en metabolómica?

No es ningún secreto que el éxito de cualquier estudio metabolómico está firmemente arraigado en la calidad del proceso y de los datos. Trabajamos con procedimientos establecidos en nuestro Sistema de Gestión de Calidad para garantizar que nuestros complejos resultados sean precisos y coherentes. Siguiendo nuestras rigurosas medidas de calidad, hemos ayudado a los investigadores a producir más de 3.000 presentaciones y publicaciones científicas. Sólo en enero de 2023, nuestros datos se utilizaron en 30 estudios publicados. Las publicaciones que utilizan los servicios de Metabolonabarcan un conjunto diverso de temas, desde la diabetes hasta el microbioma y la malaria.

En los últimos 20 años, hemos optimizado nuestras normas internas de calidad, a las que nos referimos como las 4C: Cobertura, Competencia, Comparabilidad y Capacidad. Al mantener las 4C, garantizamos que nuestros clientes detectarán una amplitud y diversidad de metabolitos sin igual, recibirán datos e interpretación de datos de alta calidad, podrán comparar sus datos con cientos de miles de otras muestras de diferentes investigadores, épocas, geografías, pacientes y matrices, y no tendrán que esperar años para recibir sus datos.

En cada etapa, ofrecemos una sólida garantía de calidad y control de calidad con un riguroso programa de gobierno de datos y la adhesión a valiosos estándares y regulaciones federales e internacionales de EE.UU. (incluyendo CAP/CLIA, e ISO 9001:2015). Metabolon maneja sus datos de acuerdo con los principios aceptados de integridad de datos, privacidad de datos y seguridad de datos y la adhesión a las leyes de privacidad de datos aplicables.

¿Y ahora qué?

En este capítulo, hemos explorado las consideraciones clave a tener en cuenta en torno a las carteras de datos y metabolitos, la tecnología, el proceso y la calidad a la hora de considerar con quién trabajar en su próximo estudio metabolómico. En el próximo capítulo, profundizaremos en todos los componentes críticos de la creación de su próximo estudio metabolómico con Metabolon.

Referencias

1. Emwas AH, Roy R, McKay RT et al. Recommendations and Standardization of Biomarker Quantification Using NMR-Based Metabolomics with Particular Focus on Urinary Analysis. J Proteome Res. 2016;15(2):360-373. doi: 10.1021/acs.jproteome.5b00885
2. Nagana Gowda GA and Raftery D. NMR Based Metabolomics. Adv Exp Med Biol. 2021;1280:19-37. doi: 10.1007/978-3-030-51652-9_2
3. Bedia C. Metabolómica en toxicología ambiental: Applications and challenges. Trends in Env Anal Chem. 2022;34:e00161. doi: 10.1016/j.teac.2022.e00161