Las 8 preguntas más importantes que debe hacer a su proveedor de metabolómica

1. ¿Cuántos metabolitos se pueden detectar?

Cuando se trata de investigación metabolómica, no todos los datos son iguales. El éxito de su estudio está directamente relacionado con el número de metabolitos que puede detectar y si esos metabolitos son apropiados para su pregunta de investigación.

Whether you are interested in using global, untargeted metabolomics to obtain a broad picture of all metabolites present in your samples or targeted metabolomics to detect particular metabolites of interest for your research question, it’s important to work with a vendor that has a wide range of appropriate, readily available assays that are capable of detecting a vast number of metabolites. Depending on your research, you may also want to work with a vendor that facilitates custom assay design.

Con una completa base de datos interna de más de 5.400 metabolitos biológicamente relevantes, Metabolon no tiene rival en cuanto al número de compuestos -incluidos metabolitos microbianos- que puede identificar con precisión en sus estudios. Además, nuestros paneles específicos y personalizados pueden responder a cualquier pregunta de investigación que desee explorar. Nuestros expertos en metabolómica con formación de doctorado trabajan con usted para identificar y, si es necesario, desarrollar el panel o paneles adecuados para avanzar en su investigación.

2. ¿Qué tecnología metabolómica utiliza?

Two main technologies are used to obtain metabolite data: nuclear magnetic resonance (NMR) and liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). The approach you use directly impacts your results.

Aunque la RMN es un método excelente para la metabolómica no dirigida, la LC-MS es mucho más sensible que la RMN y resulta especialmente adecuada para los análisis de metabolómica dirigida^.1 La LC-MS puede medir miles de metabolitos a la vez y a menudo se utiliza para analizar diferentes clases de metabolitos de la misma muestra, con lo que se consigue una cobertura más amplia del metaboloma^.2 Las técnicas LC-MS disponibles en la actualidad son increíblemente sensibles y precisas y ofrecen una alta resolución de masas, lo que significa que más del 80% de las vías presentes en la base de datos KEGG pueden detectarse mediante este método^.3 La sensibilidad de la LC-MS también la convierte en una herramienta excepcional para la investigación en medicina de precisión, que a menudo requiere una identificación y cuantificación precisas y exactas de biomarcadores específicos (incluidos metabolitos derivados de microbiomas) y la caracterización de interacciones metabolito-fármaco.

Metabolon’s proprietary LC-MS technology is best-in-class, detecting more unique metabolites than any other technology available. Our products have been used by several customers to advance precision medicine research. For example, a leading pharmaceutical company used this technology to develop a more efficacious dosing strategy and redesign their clinical trial to bring their microbiome-based therapeutic (SER-109) that had failed Phase II clinical trials through a successful Phase III trial. SER-109 is now poised to be the first microbiome-based therapeutic to receive FDA approval.

3. ¿Cuál es su flujo de trabajo metabolómico?

Todos los estudios metabolómicos siguen el mismo flujo de trabajo básico: diseño del estudio, preparación y manipulación de muestras, producción de datos e interpretación y visualización de datos. La forma en que el proveedor con el que trabaje aborde cada uno de estos aspectos puede ser decisiva para su estudio. Además, la forma en que un proveedor le entrega los datos es un aspecto fundamental, junto con la comunicación a lo largo de todo el proceso.

4. Do You Help With Metabolomics Study Design?

A controlled and insightful research outcome is highly dependent on the quality of your study preparation. Every study at Metabolon begins with a one-on-one consultation to fully assess the client’s research goals. Then, the Metabolon team works to ensure three main components: a clearly defined objective, strong study design elements, and adequate study power.

Nuestros más de 20 años de experiencia optimizando protocolos y trabajando con cientos de tipos de muestras, combinados con nuestra biblioteca de referencia que contiene más de 5.400 metabolitos, significa que estamos totalmente equipados para ayudarle a diseñar su estudio, recoger las muestras adecuadas de la forma correcta y obtener datos de la mayor calidad posible con respuestas significativas y definitivas a sus preguntas de investigación.

5. How Should Metabolomics Samples Be Prepared?

As we discuss in greater detail in Chapter 4 of this guide, there are several different sample types that can be analyzed using metabolomics protocols. The sample source you used depends on your research goal, and each sample type requires different handling and preparation. It is critical that the vendor you work with has worked with your sample type(s) before to ensure accurate handling and processing and high-quality data generation.

Metabolon le simplifica este paso con nuestro kit de manipulación de muestras Study Success personalizado específicamente para su estudio. Con el kit, incluimos tubos con códigos de barras específicos para su matriz (es decir, biofluidos, muestras sólidas o gránulos celulares) con instrucciones para enviarnos sus muestras por correo para garantizar que lleguen de forma segura.

We’ve performed over 10,000 metabolomics studies with samples collected from over 100 species and 500 disease states. No matter what sample type you send us, we have the expertise to extract the highest quality data possible.

6. What Kind of Metabolomics Data Interpretation and Visualization Do You Provide?

La interpretación de los datos suele ser la parte más difícil de cualquier proyecto de metabolómica. Los instrumentos no producen resúmenes fáciles de leer con bellos gráficos; en su lugar, se obtienen tablas con un sinfín de columnas y valores que hay que transformar en perspectivas comprensibles utilizando cualquiera de las numerosas herramientas de software disponibles (algunas de ellas gratuitas, otras no). Si nadie de su equipo está formado en el análisis de datos metabolómicos, es posible que no confíe en su interpretación y la probabilidad de que se pierdan observaciones importantes y procesables es alta.

Trabajando con Metabolon, nunca se quedará a oscuras cuando se trate de interpretar sus datos. Los paneles Discovery vienen con acceso continuo al portal MyMetabolon , donde puede acceder a la interpretación personalizada de nuestros directores de estudio con nivel de doctorado, las pruebas estadísticas que realizaron y las visualizaciones de datos totalmente personalizables. Y aunque los paneles específicos no tienen el mismo análisis estadístico y visualización que los paneles globales, proporcionamos una tabla de datos formateada que está lista para la importación y el análisis con herramientas de terceros como R y Python.

7. How are Metabolomics Results Delivered?

Incluso si el proveedor con el que trabaja le ayuda en la interpretación y el análisis de los datos -y especialmente si no lo hace- querrá asegurarse de que los datos que le envían se prestan a un análisis sencillo. Por cada estudio que realice con Metabolon, recibirá una tabla de datos del cliente (CDT) que contiene todos los datos de metabolitos en un formato que es fácil de importar y exportar. Puede analizar fácilmente estos datos con R, Python, y muchos otros programas.

A lo largo de todo el proceso, desde el diseño del estudio hasta la entrega de datos, los científicos Metabolon trabajan con usted para garantizar que obtenga respuestas significativas a sus preguntas de investigación. Le ayudamos a diseñar su estudio, trabajamos con usted para crear paneles personalizados si es necesario, tenemos los conocimientos necesarios para trabajar con cualquier tipo de muestra que nos envíe, y tenemos la experiencia científica para identificar ideas profundas en sus datos y colaborar con usted para analizar sus datos y avanzar en su investigación.

8. What Are Your Metabolomics Quality Standards?

It’s no secret that the success of any metabolomics study is firmly rooted in the quality of the process and the data. We operate using procedures established in our Quality Management System to ensure that our complex deliverables are accurate and consistent. Abiding by our rigorous quality measures, we’ve helped researchers produce over 3,000 scientific presentations and publications. In January of 2023 alone, our data was used in 30 published studies. Publications using Metabolon’s services cover a diverse set of topics, from diabetes to the microbiome to malaria.

Over the past 20 years, we’ve optimized our internal quality standards, which we refer to as the 4Cs: Coverage, Competency, Comparability, and Capacity. By upholding the 4Cs, we guarantee our clients will detect unmatched breadth and diversity of metabolites, receive high-quality data and data interpretation, be able to cross-compare their data with hundreds of thousands of other samples from different researchers, times, geographies, patients, and matrices, and won’t wait for ages to receive their data.

En cada etapa, ofrecemos una sólida garantía de calidad y control de calidad con un riguroso programa de gobierno de datos y la adhesión a valiosos estándares y regulaciones federales e internacionales de EE.UU. (incluyendo CAP/CLIA, e ISO 9001:2015). Metabolon maneja sus datos de acuerdo con los principios aceptados de integridad de datos, privacidad de datos y seguridad de datos y la adhesión a las leyes de privacidad de datos aplicables.

¿Y ahora qué?

In this chapter, we explored the key considerations to make around data and metabolite portfolios, technology, process, and quality as you consider who to work with on your next metabolomics study. In the next chapter, we will take a deeper dive into all the critical components of building your next metabolomics study with Metabolon.

Referencias

1. Emwas AH, Roy R, McKay RT et al. Recommendations and Standardization of Biomarker Quantification Using NMR-Based Metabolomics with Particular Focus on Urinary Analysis. J Proteome Res. 2016;15(2):360-373. doi: 10.1021/acs.jproteome.5b00885
2. Nagana Gowda GA and Raftery D. NMR Based Metabolomics. Adv Exp Med Biol. 2021;1280:19-37. doi: 10.1007/978-3-030-51652-9_2
3. Bedia C. Metabolómica en toxicología ambiental: Applications and challenges. Trends in Env Anal Chem. 2022;34:e00161. doi: 10.1016/j.teac.2022.e00161