Notas de publicación

Una pregunta habitual que recibimos de nuestros clientes es "¿Cuándo me permitirá la Plataforma Bioinformática Integrada cargar mis datos multiómicos?". La gran noticia es que la respuesta es "¡Hoy!".

Entre bastidores, nuestros bioinformáticos y desarrolladores de software han estado trabajando para implementar una nueva Herramienta Multiómica que le permita cargar sus propios datos multiómicos, integrarlos en un proyecto existente y realizar modelos predictivos, enriquecimiento de vías y análisis interpretativos junto con sus datos metabolómicos. Las funciones ya están disponibles para su uso inmediato por parte de los clientes Metabolon , y los contactos con una licencia de demostración podrán explorar las funciones utilizando datos de demostración.

Nota: Esta versión forma parte de una beta abierta.

La Herramienta Multiómica, disponible dentro de la Plataforma Bioinformática Integrada, está todavía en desarrollo activo y, como tal, ha sido lanzada como parte de una beta abierta. Todos los proyectos existentes que accedan a la herramienta y los proyectos que se reserven durante la fase beta tendrán acceso perpetuo a la Herramienta Multiómica sin coste adicional, para todos los demás proyectos podremos cerrar la beta o ajustar la forma de acceder a las Herramientas Multiómicas en el futuro a medida que finalicemos nuestra hoja de ruta de desarrollo y sigamos aportando funcionalidades adicionales.

Visite la página de herramientas multiómicas 

• La Plataforma Bioinformática Integrada admite ahora análisis multiómicos: cargue grupos de comparación a partir de los metadatos de sus muestras e inicie análisis de modelos predictivos con sólo pulsar un botón.
• El modelado predictivo integrado (regresión logística y bosque aleatorio) proporciona métricas completas del rendimiento del modelo e información sobre la importancia de las características.
• El análisis de factores latentes basado en DIABLO proporciona herramientas interactivas de mapeo de muestras, cargas y visualización.
• El análisis de vías multiómicas ofrece ahora los métodos Over-Representation Analysis (ORA) y PathIntegrate, que utilizan un mapeo curado de metabolitos en la base de datos REACTOME para maximizar la cobertura de las vías.

Para más información, visite la página de herramientas multiómicas.

"Por favor, señor, quiero más..."

Metabolon es líder mundial en la identificación de pequeñas moléculas en muestras biológicas. ¿Dejamos que eso nos impida seguir aportando conocimientos aún más impactantes? Dígalo conmigo: No, ¡no lo hacemos!

Mediante la combinación de la biblioteca metabolómica más potente del mundo y las técnicas más avanzadas de aprendizaje automático, aumentamos regularmente el número de compuestos que podemos identificar de forma rutinaria en las muestras. Las mejoras más recientes de nuestra biblioteca, líder en el sector, incluyen clases de moléculas lipídicas y dipéptidas adicionales, lo que se traduce en una mayor cobertura en estas áreas para muchos estudios.

Lo que esto significa para usted: Si usted es un usuario habitual del Global Discovery Panel de Metabolon, es posible que vea nuevos compuestos en sus datos que no había visto antes (¡ganando!). Sinceramente, ¿quién no quiere ver más compuestos? Si no eres un usuario habitual, ¡enhorabuena y bienvenido, científico heroico! Sigue haciendo lo que haces para que el mundo sea un lugar mejor.

Si tiene alguna pregunta sobre su estudio, póngase en contacto con su representante Metabolon .

¿Cuál es la nueva metodología?

El actual Global Discovery Panel deMetabolonutiliza cuatro métodos distintos de LC/MS: Neg, Pos Early, Pos Late y Polar. En esta actualización, el método Polar se retira en favor de dos nuevos métodos: NOS y HILIC, véase el gráfico siguiente. Esencialmente, hemos dividido la separación original basada totalmente en HILIC, el método "Polar", en estos dos nuevos métodos: un método de separación HILIC más corto y un nuevo método de fase inversa (RP). Estos dos nuevos métodos proporcionan una estabilidad y consistencia de detección mejoradas para aquellas moléculas detectadas originalmente por el método Polar. Estas moléculas incluyen pequeños ácidos orgánicos como los metabolitos del ciclo TCA (ahora en el método NOS) y azúcares (ahora en el método HILIC) como los metabolitos de la vía de la glucólisis.

¿Hasta qué nivel se validaron los métodos NOS e HILIC?

Metabolon cuenta con la certificación ISO 9001 y, como tal, dispone de un amplio sistema de gestión de la calidad y de los procedimientos de validación necesarios. Los nuevos métodos han sido sometidos al mismo rigor de validación analítica y biológica que nuestros métodos anteriores, incluyendo el análisis de una variedad de matrices diferentes para asegurar la calidad de los datos. Como resultado de este exhaustivo proceso de validación, puede esperar recibir los mismos datos metabolómicos de alta calidad que Metabolon ha producido siempre.

¿Qué compuestos pueden verse afectados por la nueva versión?

Más del 99% de los compuestos actualmente detectados e identificados en Global Discovery Panel tienen una detección similar o mejorada utilizando los nuevos métodos. Sólo los compuestos detectados anteriormente por el método Polar (ID de biblioteca 305) pueden verse afectados por esta actualización de versión. Los dos nuevos métodos que sustituyen al método Polar proporcionan una mayor estabilidad y consistencia de la detección a lo largo del tiempo para aquellas moléculas históricamente llamadas desde el método Polar.

MEJOR, MÁS RÁPIDO, MÁS FUERTE

Bienvenido al último conjunto de notas de publicación de Metabolon. ¿Cómo va eso de la ciencia? Esperamos que hoy estés cambiando el mundo. Eres un héroe, y estamos orgullosos de ti; nunca lo olvides. Aquí están algunas ideas sobre lo que hay de nuevo en Metabolon.

PORTAL DEL CLIENTE

Corrección de errores

• Se ha fijado el tamaño del cambio de pliegue de los metabolitos del mapa de rutas.
• Corrección del enlace directo del Discovery Panel para los tokens caducados.

Mejoras generales del Portal:

• Mejoras en la calidad de vida de los procesos de registro e inicio de sesión.
• Código actualizado para soportar la próxima página de carga de manifiestos.

APRENDIZAJE AUTOMÁTICO E INTELIGENCIA ARTIFICIAL

Si eres demasiado joven para saber qué es SkyNet, te recomendamos que veas la serie completa de Terminator ahora (o esta noche después del trabajo; conserva tu trabajo porque el mundo necesita más científicos).

• Desde el plasma humano hasta los granos de maíz y todo lo demás, nuestro aprendizaje automático busca metabolitos en cualquier matriz de especies que nos envíe.
• Para cualquier tipo de célula humana, acabamos de ampliar nuestro control de calidad automatizado para proporcionar una mayor supervisión del algoritmo central de aprendizaje automático: vigilamos a los vigilantes.

SERVICIOS

Y por "servicios" nos referimos a cosas geniales como los paneles de descubrimiento de Metabolon , los paneles dirigidos y los ensayos de un solo analito (¡Equipo Oxford Comma!) que le ayudan a explorar cosas nuevas.

Actualización de los nombres de los compuestos

• Hace poco estábamos añadiendo compuestos a nuestra ya impresionante superbiblioteca, centrada en la biología, cuando nos dimos cuenta de que uno de los nombres de los compuestos era un poco ambiguo. Había un nombre más apropiado para describir la estructura de este compuesto. Como nos esforzamos por garantizar que los investigadores sepan cuál es la molécula real sobre la que estamos informando (incluidos los enlaces a bases de datos asociadas), estamos actualizando el nombre de la molécula O-metiltirosina a éster metílico de tirosina. No se preocupe, la identificación química sigue siendo la misma, por lo que sabrá que sigue rastreando el mismo compuesto de estudios anteriores. Además, para completar la historia, estamos añadiendo dos nuevos compuestos a la biblioteca para completar esta familia molecular, según el gráfico de abajo. ¡Que aproveche!

• Corrección de errores
• Moléculas pequeñas, círculos de tamaño adecuado. Se ha añadido una corrección de errores que redimensiona más granularmente los círculos de metabolitos basándose en el cambio de pliegue en la pestaña Pathway Explorer del Portal.
• Se ha corregido un error de "clic rápido" que impide que el Explorador de rutas se bloquee al hacer clic demasiado rápido en la pestaña Enriquecimiento.
• Mejoras de accesibilidad
• Con el fin de que nuestro mapa de calor sea legible para todos, pronto aparecerán celdas azules y rojas en lugar de verdes y rojas. Además, esta actualización de colores coincidirá con lo que se ve en la tabla de estadísticas del portal.