Notes de mise à jour

Nos clients nous posent souvent la question suivante : "Quand la plate-forme bioinformatique intégrée me permettra-t-elle de télécharger mes données multiomiques ? La bonne nouvelle, c'est que la réponse est "aujourd'hui".

En coulisses, nos bioinformaticiens et développeurs de logiciels ont travaillé à la mise en œuvre d'un nouvel outil multiomique qui vous permet de télécharger vos propres données multiomiques, de les intégrer dans un projet existant et d'effectuer une modélisation prédictive, un enrichissement des voies et des analyses interprétatives parallèlement à vos données métabolomiques. Les fonctionnalités sont désormais disponibles pour une utilisation immédiate par les clients de Metabolon , et les contacts disposant d'une licence de démonstration pourront explorer les fonctionnalités en utilisant des données de démonstration.

Remarque : cette version fait partie d'une version bêta ouverte.

L'outil Multiomics, disponible au sein de la plateforme de bioinformatique intégrée, est toujours en cours de développement et, à ce titre, a été mis à disposition dans le cadre d'une version bêta ouverte. Tous les projets existants qui accèdent à l'outil et les projets réservés pendant la phase bêta auront un accès perpétuel à l'outil Multiomics sans frais supplémentaires. Pour tous les autres projets, il est possible que nous fermions la phase bêta ou que nous modifiions les modalités d'accès à l'outil Multiomics à l'avenir, à mesure que nous finalisons notre feuille de route de développement et que nous continuons à apporter des fonctionnalités supplémentaires.

Visitez la page des outils Multiomics 

• La plateforme bioinformatique intégrée prend désormais en charge l'analyse multiomique - téléchargez des groupes de comparaison à partir des métadonnées de votre échantillon et lancez des analyses de modélisation prédictive en cliquant sur un bouton.
• La modélisation prédictive intégrée (régression logistique et forêt aléatoire) fournit des mesures complètes des performances du modèle et des informations sur l'importance des caractéristiques.
• L'analyse des facteurs latents basée sur DIABLO fournit une cartographie interactive des échantillons, des charges et des outils de visualisation.
• L'analyse des voies multiomiques propose désormais les méthodes ORA (Over-Representation Analysis) et PathIntegrate qui utilisent une cartographie curative des métabolites dans la base de données REACTOME afin de maximiser la couverture des voies.

Pour plus d'informations, veuillez consulter la page Outils Multiomics.

Quelle est la nouvelle méthodologie ?

Le Global Discovery Panel actuel deMetabolonutilise quatre méthodes LC/MS distinctes, à savoir Neg, Pos Early, Pos Late et Polar. Dans cette mise à jour, la méthode Polar est remplacée par deux nouvelles méthodes : NOS et HILIC (voir le graphique ci-dessous). Nous avons essentiellement divisé la séparation originale basée sur HILIC, la méthode "Polar", en deux nouvelles méthodes : une méthode de séparation HILIC plus courte et une nouvelle méthode en phase inverse (RP). Ces deux nouvelles méthodes permettent d'améliorer la stabilité et la cohérence de la détection des molécules initialement détectées par la méthode polaire. Ces molécules comprennent les petits acides organiques tels que les métabolites du cycle TCA (maintenant sur la méthode NOS) et les sucres (maintenant sur la méthode HILIC) tels que les métabolites de la voie de la glycolyse.

 

À quel niveau les méthodes NOS et HILIC ont-elles été validées ?

Metabolon est certifié ISO 9001 et dispose donc d'un système de gestion de la qualité étendu et des procédures de validation requises. Les nouvelles méthodes ont été soumises à la même rigueur de validation analytique et biologique que nos méthodes précédentes, y compris l'analyse d'une variété de matrices différentes pour assurer la qualité des données. Grâce à ce processus de validation approfondi, vous pouvez vous attendre à recevoir les mêmes données métabolomiques de haute qualité que Metabolon a toujours produites.

 

Quels sont les composés susceptibles d'être affectés par la nouvelle version ?

Plus de 99 % des composés actuellement détectés et identifiés sur le Global Discovery Panel sont détectés de manière similaire ou améliorée à l'aide des nouvelles méthodes. Seuls les composés précédemment détectés par la méthode Polar (bibliothèque ID 305) peuvent être concernés par cette mise à jour. Les deux nouvelles méthodes qui remplacent la méthode Polar offrent une meilleure stabilité et une meilleure cohérence de la détection dans le temps pour les molécules historiquement appelées par la méthode Polar.

MEILLEUR, PLUS RAPIDE, PLUS FORT

Bienvenue dans la dernière série de notes de version de Metabolon. Comment se passe cette histoire de science ? Nous espérons que vous changez le monde aujourd'hui. Vous êtes un héros et nous sommes fiers de vous, ne l'oubliez jamais. Voici quelques informations sur les nouveautés de Metabolon.

PORTAIL CLIENT

Correction de bugs

• La taille du changement de pli des métabolites de la carte des voies est fixée.
• Correction du lien direct du panneau de découverte pour les jetons expirés.

Améliorations générales du portail :

• Amélioration de la qualité de vie des processus d'inscription et de connexion.
• Mise à jour du code pour prendre en charge la prochaine page de téléchargement du manifeste.

 

APPRENTISSAGE AUTOMATIQUE ET INTELLIGENCE ARTIFICIELLE

Si vous êtes trop jeune pour savoir ce qu'est SkyNet, nous vous recommandons de regarder en boucle toute la série de films Terminator maintenant (ou ce soir après le travail ; gardez votre emploi car le monde a besoin de plus de scientifiques).

• Du plasma humain aux grains de maïs et tout ce qui se trouve entre les deux, notre système d'apprentissage automatique recherche désormais des métabolites dans n'importe quelle matrice d'espèce que vous nous envoyez.
• Pour tout type de cellule humaine, nous venons d'étendre notre contrôle de qualité automatisé afin de mieux surveiller l'algorithme principal d'apprentissage automatique - nous surveillons les gardiens.

SERVICES

Et par "services", nous entendons des choses intéressantes telles que les panels de découverte de Metabolon , les panels ciblés et les tests d'analyse unique (Team Oxford Comma !) qui vous aident à explorer de nouvelles choses.

Mise à jour de la dénomination des composés

• Nous étions récemment en train d'ajouter des composés à notre super-bibliothèque déjà impressionnante, axée sur la biologie, lorsque nous avons remarqué que l'un des noms de composés était quelque peu ambigu. Il existait un nom plus approprié pour décrire la structure de ce composé. Comme nous nous efforçons de faire en sorte que les chercheurs sachent quelle est la molécule réelle sur laquelle nous faisons un rapport (y compris les liens vers les bases de données associées), nous modifions le nom de la molécule O-méthyltyrosine en ester méthylique de la tyrosine. Ne vous inquiétez pas, l'identifiant chimique reste le même, de sorte que vous saurez que vous suivez toujours le même composé issu d'études antérieures. En outre, pour compléter l'histoire, nous ajoutons deux nouveaux composés à la bibliothèque pour compléter cette famille moléculaire, comme le montre le tableau ci-dessous. Nous vous souhaitons beaucoup de plaisir !

ID chimique	Ancien nom	Nouveau nom	Structure
100002078	O-méthyl tyrosine	Ester méthylique de la tyrosine
100022738		O-méthyltyrosine
100022739		Metyrosine

 

• Correction de bugs
• Petites molécules, cercles de taille appropriée. Ajout d'une correction de bug qui redimensionne de manière plus granulaire les cercles de métabolites en fonction du changement de pli dans l'onglet Pathway Explorer du portail.
• Correction d'un bug de type "fast clicker" qui empêche l'explorateur de voies de se bloquer lorsque l'on clique trop vite dans l'onglet Enrichissement.
• Amélioration de l'accessibilité
• Afin de rendre notre carte thermique livrable lisible par tous, attendez-vous à voir bientôt des cellules bleues et rouges au lieu de vertes et rouges dans notre carte thermique livrable. Bonus : cette mise à jour des couleurs correspondra à ce que vous voyez dans le tableau des statistiques du portail !