Les 8 questions les plus importantes à poser à votre fournisseur de métabolomique

1. Combien de métabolites pouvez-vous détecter ?

En matière de recherche métabolomique, toutes les données ne se valent pas. Le succès de votre étude est directement lié au nombre de métabolites que vous pouvez détecter et à la pertinence de ces métabolites par rapport à votre question de recherche.

Whether you are interested in using global, untargeted metabolomics to obtain a broad picture of all metabolites present in your samples or targeted metabolomics to detect particular metabolites of interest for your research question, it’s important to work with a vendor that has a wide range of appropriate, readily available assays that are capable of detecting a vast number of metabolites. Depending on your research, you may also want to work with a vendor that facilitates custom assay design.

Avec une base de données interne complète de plus de 5 400 métabolites biologiquement pertinents, Metabolon est inégalé en ce qui concerne le nombre de composés - y compris les métabolites microbiens - que vous pouvez identifier avec précision dans vos études. En outre, nos panels ciblés et personnalisés peuvent répondre à n'importe quelle question de recherche que vous souhaitez explorer. Nos experts en métabolomique, titulaires d'un doctorat, travaillent avec vous pour identifier et, si nécessaire, développer le(s) panel(s) approprié(s) pour faire avancer votre recherche.

2. Quelle technologie métabolomique utilisez-vous ?

Two main technologies are used to obtain metabolite data: nuclear magnetic resonance (NMR) and liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS). The approach you use directly impacts your results.

Si la RMN est une excellente approche pour les efforts de métabolomique non ciblée, la LC-MS est une méthode beaucoup plus sensible que la RMN et est particulièrement bien adaptée aux analyses de métabolomique ciblée^.1 La LC-MS peut mesurer des milliers de métabolites à la fois et est souvent utilisée pour analyser différentes classes de métabolites à partir du même échantillon, ce qui permet d'obtenir une couverture plus large du métabolome^.2 Les techniques LC-MS actuellement disponibles sont incroyablement sensibles et précises et offrent une résolution de masse élevée, ce qui signifie que plus de 80 % des voies présentes dans la base de données KEGG peuvent être détectées à l'aide de cette méthode^.3 La sensibilité de la LC-MS en fait également un outil exceptionnel pour la recherche en médecine de précision, qui nécessite souvent une identification et une quantification précises et exactes de biomarqueurs spécifiques (y compris les métabolites dérivés de microbiomes) et la caractérisation des interactions métabolite-médicament.

Metabolon’s proprietary LC-MS technology is best-in-class, detecting more unique metabolites than any other technology available. Our products have been used by several customers to advance precision medicine research. For example, a leading pharmaceutical company used this technology to develop a more efficacious dosing strategy and redesign their clinical trial to bring their microbiome-based therapeutic (SER-109) that had failed Phase II clinical trials through a successful Phase III trial. SER-109 is now poised to be the first microbiome-based therapeutic to receive FDA approval.

3. Quel est votre flux de travail en métabolomique ?

Toutes les études métabolomiques suivent le même processus de base : conception de l'étude, préparation et manipulation des échantillons, production des données, interprétation et visualisation des données. La manière dont le fournisseur avec lequel vous travaillez aborde chacun de ces aspects peut être déterminante pour votre étude. En outre, la manière dont le fournisseur livre vos données est un élément essentiel, de même que la communication tout au long du processus.

4. Do You Help With Metabolomics Study Design?

A controlled and insightful research outcome is highly dependent on the quality of your study preparation. Every study at Metabolon begins with a one-on-one consultation to fully assess the client’s research goals. Then, the Metabolon team works to ensure three main components: a clearly defined objective, strong study design elements, and adequate study power.

Notre expérience de plus de 20 ans dans l'optimisation des protocoles et le travail avec des centaines de types d'échantillons, combinée à notre bibliothèque de référence contenant plus de 5 400 métabolites, signifie que nous sommes parfaitement équipés pour vous aider à concevoir votre étude, à collecter les bons échantillons de la bonne manière et à obtenir des données de la plus haute qualité possible avec des réponses significatives et définitives aux questions que vous vous posez dans le cadre de votre recherche.

5. How Should Metabolomics Samples Be Prepared?

As we discuss in greater detail in Chapter 4 of this guide, there are several different sample types that can be analyzed using metabolomics protocols. The sample source you used depends on your research goal, and each sample type requires different handling and preparation. It is critical that the vendor you work with has worked with your sample type(s) before to ensure accurate handling and processing and high-quality data generation.

Metabolon vous simplifie cette étape grâce à notre kit gratuit de manipulation des échantillons Study Success, spécialement conçu pour votre étude. Ce kit comprend des tubes à code-barres spécifiques à votre matrice (c'est-à-dire des biofluides, des échantillons solides ou des culots cellulaires) ainsi que des instructions pour l'envoi de vos échantillons afin qu'ils arrivent en toute sécurité.

We’ve performed over 10,000 metabolomics studies with samples collected from over 100 species and 500 disease states. No matter what sample type you send us, we have the expertise to extract the highest quality data possible.

6. What Kind of Metabolomics Data Interpretation and Visualization Do You Provide?

L'interprétation des données est souvent la partie la plus difficile de tout projet de métabolomique. Les instruments ne produisent pas de résumés faciles à lire avec de beaux graphiques ; au lieu de cela, vous obtenez des tableaux avec une infinité de colonnes et de valeurs que vous devez transformer en informations compréhensibles à l'aide de l'un des nombreux outils logiciels disponibles (certains sont gratuits, d'autres payants). Si aucun membre de votre équipe n'est formé à l'analyse des données métabolomiques, vous risquez de manquer de confiance dans votre interprétation et la probabilité de passer à côté d'observations importantes et exploitables est élevée.

En travaillant avec Metabolon, vous ne serez jamais laissé dans l'ignorance lorsqu'il s'agit d'interpréter vos données. Les panels de découverte bénéficient d'un accès continu au portail MyMetabolon , où vous pouvez accéder à une interprétation personnalisée par nos directeurs d'étude titulaires d'un doctorat, aux tests statistiques qu'ils ont effectués et à des visualisations de données entièrement personnalisables. Bien que les panels ciblés ne disposent pas des mêmes analyses et visualisations statistiques que les panels globaux, nous fournissons un tableau de données formaté prêt à être importé et analysé avec des outils tiers tels que R et Python.

7. How are Metabolomics Results Delivered?

Même si le fournisseur avec lequel vous travaillez vous aide à interpréter et à analyser les données - et surtout s'il ne le fait pas - vous devez vous assurer que les données qu'il vous envoie se prêtent à une analyse facile. Pour chaque étude réalisée avec Metabolon, vous recevrez un tableau de données client (CDT) contenant toutes les données sur les métabolites dans un format facile à importer et à exporter. Vous pouvez facilement analyser ces données avec R, Python et de nombreux autres programmes.

Tout au long du processus, de la conception de l'étude à la livraison des données, les scientifiques de Metabolon travaillent avec vous pour s'assurer que vous obtenez des réponses significatives à vos questions de recherche. Nous vous aidons à concevoir votre étude, nous travaillons avec vous pour créer des panels personnalisés si nécessaire, nous avons le savoir-faire pour travailler avec n'importe quel type d'échantillon que vous nous envoyez, et nous avons l'expertise scientifique pour identifier des informations profondes dans vos données et collaborer avec vous pour analyser vos données et faire avancer votre recherche.

8. What Are Your Metabolomics Quality Standards?

It’s no secret that the success of any metabolomics study is firmly rooted in the quality of the process and the data. We operate using procedures established in our Quality Management System to ensure that our complex deliverables are accurate and consistent. Abiding by our rigorous quality measures, we’ve helped researchers produce over 3,000 scientific presentations and publications. In January of 2023 alone, our data was used in 30 published studies. Publications using Metabolon’s services cover a diverse set of topics, from diabetes to the microbiome to malaria.

Over the past 20 years, we’ve optimized our internal quality standards, which we refer to as the 4Cs: Coverage, Competency, Comparability, and Capacity. By upholding the 4Cs, we guarantee our clients will detect unmatched breadth and diversity of metabolites, receive high-quality data and data interpretation, be able to cross-compare their data with hundreds of thousands of other samples from different researchers, times, geographies, patients, and matrices, and won’t wait for ages to receive their data.

À chaque étape, nous fournissons une assurance et un contrôle de qualité solides grâce à un programme rigoureux de gouvernance des données et au respect des normes et réglementations fédérales et internationales en vigueur aux États-Unis (y compris CAP/CLIA et ISO 9001:2015). Metabolon traite vos données conformément aux principes reconnus d'intégrité, de confidentialité et de sécurité des données, ainsi qu'aux lois applicables en matière de confidentialité des données.

Quelle est la prochaine étape ?

In this chapter, we explored the key considerations to make around data and metabolite portfolios, technology, process, and quality as you consider who to work with on your next metabolomics study. In the next chapter, we will take a deeper dive into all the critical components of building your next metabolomics study with Metabolon.

Références

1. Emwas AH, Roy R, McKay RT et al. Recommendations and Standardization of Biomarker Quantification Using NMR-Based Metabolomics with Particular Focus on Urinary Analysis. J Proteome Res. 2016;15(2):360-373. doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00885
2. Nagana Gowda GA et Raftery D. NMR Based Metabolomics. Adv Exp Med Biol. 2021;1280:19-37. doi : 10.1007/978-3-030-51652-9_2
3. Bedia C. Metabolomics in environmental toxicology : Applications et défis. Trends in Env Anal Chem. 2022;34:e00161. doi : 10.1016/j.teac.2022.e00161