Chapitre 1 - Les 8 questions les plus importantes à poser à votre fournisseur de services métabolomiques

1. Combien de métabolites pouvez-vous détecter ?

En matière de recherche métabolomique, toutes les données ne se valent pas. Le succès de votre étude est directement lié au nombre de métabolites que vous pouvez détecter et à la pertinence de ces métabolites par rapport à votre question de recherche.

Que vous souhaitiez utiliser la métabolomique globale et non ciblée pour obtenir une vue d'ensemble de tous les métabolites présents dans vos échantillons ou la métabolomique ciblée pour détecter des métabolites particuliers présentant un intérêt pour votre question de recherche, il est important de travailler avec un fournisseur qui dispose d'une large gamme de tests appropriés, facilement disponibles et capables de détecter un grand nombre de métabolites. En fonction de votre recherche, vous pouvez également souhaiter travailler avec un fournisseur qui facilite la conception d'essais personnalisés.

Avec une base de données interne complète de plus de 5 400 métabolites biologiquement pertinents, Metabolon est inégalé en ce qui concerne le nombre de composés - y compris les métabolites microbiens - que vous pouvez identifier avec précision dans vos études. En outre, nos panels ciblés et personnalisés peuvent répondre à n'importe quelle question de recherche que vous souhaitez explorer. Nos experts en métabolomique, titulaires d'un doctorat, travaillent avec vous pour identifier et, si nécessaire, développer le(s) panel(s) approprié(s) pour faire avancer votre recherche.

2. Quelle technologie métabolomique utilisez-vous ?

Deux technologies principales sont utilisées pour obtenir des données sur les métabolites : la résonance magnétique nucléaire (RMN) et la chromatographie liquide avec spectrométrie de masse (LC-MS). L'approche que vous utilisez a un impact direct sur vos résultats.

Si la RMN est une excellente approche pour les efforts de métabolomique non ciblée, la LC-MS est une méthode beaucoup plus sensible que la RMN et est particulièrement bien adaptée aux analyses de métabolomique ciblée^.1 La LC-MS peut mesurer des milliers de métabolites à la fois et est souvent utilisée pour analyser différentes classes de métabolites à partir du même échantillon, ce qui permet d'obtenir une couverture plus large du métabolome^.2 Les techniques LC-MS actuellement disponibles sont incroyablement sensibles et précises et offrent une résolution de masse élevée, ce qui signifie que plus de 80 % des voies présentes dans la base de données KEGG peuvent être détectées à l'aide de cette méthode^.3 La sensibilité de la LC-MS en fait également un outil exceptionnel pour la recherche en médecine de précision, qui nécessite souvent une identification et une quantification précises et exactes de biomarqueurs spécifiques (y compris les métabolites dérivés de microbiomes) et la caractérisation des interactions métabolite-médicament.

La technologie LC-MS exclusive de Metabolonest la meilleure de sa catégorie, détectant plus de métabolites uniques que toute autre technologie disponible. Nos produits ont été utilisés par plusieurs clients pour faire avancer la recherche en médecine de précision. Par exemple, une société pharmaceutique de premier plan a utilisé cette technologie pour développer une stratégie de dosage plus efficace et repenser son essai clinique afin d'amener son traitement à base de microbiome (SER-109), dont les essais cliniques de phase II avaient échoué, à un essai de phase III couronné de succès. Le SER-109 est maintenant en passe de devenir le premier traitement à base de microbiome à recevoir l'approbation de la FDA.

3. Quel est votre flux de travail en métabolomique ?

Toutes les études métabolomiques suivent le même processus de base : conception de l'étude, préparation et manipulation des échantillons, production des données, interprétation et visualisation des données. La manière dont le fournisseur avec lequel vous travaillez aborde chacun de ces aspects peut être déterminante pour votre étude. En outre, la manière dont le fournisseur livre vos données est un élément essentiel, de même que la communication tout au long du processus.

4. Aidez-vous à concevoir des études métabolomiques ?

Un résultat de recherche contrôlé et perspicace dépend fortement de la qualité de la préparation de l'étude. Chez Metabolon , chaque étude commence par une consultation individuelle afin d'évaluer pleinement les objectifs de recherche du client. Ensuite, l'équipe de Metabolon s'efforce de garantir trois éléments principaux : un objectif clairement défini, des éléments de conception d'étude solides et une puissance d'étude adéquate.

Notre expérience de plus de 20 ans dans l'optimisation des protocoles et le travail avec des centaines de types d'échantillons, combinée à notre bibliothèque de référence contenant plus de 5 400 métabolites, signifie que nous sommes parfaitement équipés pour vous aider à concevoir votre étude, à collecter les bons échantillons de la bonne manière et à obtenir des données de la plus haute qualité possible avec des réponses significatives et définitives aux questions que vous vous posez dans le cadre de votre recherche.

5. Comment préparer les échantillons métabolomiques ?

Comme nous l'expliquons plus en détail au chapitre 4 de ce guide, il existe différents types d'échantillons qui peuvent être analysés à l'aide de protocoles métabolomiques. La source d'échantillons que vous utilisez dépend de votre objectif de recherche, et chaque type d'échantillon nécessite une manipulation et une préparation différentes. Il est essentiel que le fournisseur avec lequel vous travaillez ait déjà travaillé avec votre (vos) type(s) d'échantillon(s) afin de garantir une manipulation et un traitement précis et une génération de données de haute qualité.

Metabolon vous simplifie cette étape grâce à notre kit gratuit de manipulation des échantillons Study Success, spécialement conçu pour votre étude. Ce kit comprend des tubes à code-barres spécifiques à votre matrice (c'est-à-dire des biofluides, des échantillons solides ou des culots cellulaires) ainsi que des instructions pour l'envoi de vos échantillons afin qu'ils arrivent en toute sécurité.

Nous avons réalisé plus de 10 000 études métabolomiques avec des échantillons prélevés sur plus de 100 espèces et 500 états pathologiques. Quel que soit le type d'échantillon que vous nous envoyez, nous disposons de l'expertise nécessaire pour extraire des données de la meilleure qualité possible.

6. Quel type d'interprétation et de visualisation des données métabolomiques fournissez-vous ?

L'interprétation des données est souvent la partie la plus difficile de tout projet de métabolomique. Les instruments ne produisent pas de résumés faciles à lire avec de beaux graphiques ; au lieu de cela, vous obtenez des tableaux avec une infinité de colonnes et de valeurs que vous devez transformer en informations compréhensibles à l'aide de l'un des nombreux outils logiciels disponibles (certains sont gratuits, d'autres payants). Si aucun membre de votre équipe n'est formé à l'analyse des données métabolomiques, vous risquez de manquer de confiance dans votre interprétation et la probabilité de passer à côté d'observations importantes et exploitables est élevée.

En travaillant avec Metabolon, vous ne serez jamais laissé dans l'ignorance lorsqu'il s'agit d'interpréter vos données. Les panels de découverte bénéficient d'un accès continu au portail MyMetabolon , où vous pouvez accéder à une interprétation personnalisée par nos directeurs d'étude titulaires d'un doctorat, aux tests statistiques qu'ils ont effectués et à des visualisations de données entièrement personnalisables. Bien que les panels ciblés ne disposent pas des mêmes analyses et visualisations statistiques que les panels globaux, nous fournissons un tableau de données formaté prêt à être importé et analysé avec des outils tiers tels que R et Python.

7. Comment les résultats de la métabolomique sont-ils communiqués ?

Même si le fournisseur avec lequel vous travaillez vous aide à interpréter et à analyser les données - et surtout s'il ne le fait pas - vous devez vous assurer que les données qu'il vous envoie se prêtent à une analyse facile. Pour chaque étude réalisée avec Metabolon, vous recevrez un tableau de données client (CDT) contenant toutes les données sur les métabolites dans un format facile à importer et à exporter. Vous pouvez facilement analyser ces données avec R, Python et de nombreux autres programmes.

Tout au long du processus, de la conception de l'étude à la livraison des données, les scientifiques de Metabolon travaillent avec vous pour s'assurer que vous obtenez des réponses significatives à vos questions de recherche. Nous vous aidons à concevoir votre étude, nous travaillons avec vous pour créer des panels personnalisés si nécessaire, nous avons le savoir-faire pour travailler avec n'importe quel type d'échantillon que vous nous envoyez, et nous avons l'expertise scientifique pour identifier des informations profondes dans vos données et collaborer avec vous pour analyser vos données et faire avancer votre recherche.

8. Quelles sont vos normes de qualité en matière de métabolomique ?

Ce n'est un secret pour personne que le succès d'une étude métabolomique est étroitement lié à la qualité du processus et des données. Nous utilisons des procédures établies dans notre système de gestion de la qualité pour garantir que nos produits livrables complexes sont exacts et cohérents. En respectant nos mesures de qualité rigoureuses, nous avons aidé les chercheurs à produire plus de 3 000 présentations et publications scientifiques. Rien qu'en janvier 2023, nos données ont été utilisées dans 30 études publiées. Les publications utilisant les services de Metaboloncouvrent un large éventail de sujets, du diabète au microbiome en passant par le paludisme.

Au cours des 20 dernières années, nous avons optimisé nos normes de qualité internes, que nous appelons les 4C : Couverture, Compétence, Comparabilité et Capacité. En respectant les 4C, nous garantissons à nos clients la détection d'une ampleur et d'une diversité inégalées de métabolites, des données et une interprétation des données de haute qualité, la possibilité de comparer leurs données avec des centaines de milliers d'autres échantillons provenant de chercheurs, d'époques, de zones géographiques, de patients et de matrices différents, et de ne pas attendre des siècles avant de recevoir leurs données.

À chaque étape, nous fournissons une assurance et un contrôle de qualité solides grâce à un programme rigoureux de gouvernance des données et au respect des normes et réglementations fédérales et internationales en vigueur aux États-Unis (y compris CAP/CLIA et ISO 9001:2015). Metabolon traite vos données conformément aux principes reconnus d'intégrité, de confidentialité et de sécurité des données, ainsi qu'aux lois applicables en matière de confidentialité des données.

Quelle est la prochaine étape ?

Dans ce chapitre, nous avons exploré les principales considérations à prendre en compte concernant les portefeuilles de données et de métabolites, la technologie, le processus et la qualité lorsque vous vous demandez avec qui travailler pour votre prochaine étude métabolomique. Dans le prochain chapitre, nous approfondirons tous les éléments essentiels à la réalisation de votre prochaine étude métabolomique avec Metabolon.