Un accompagnement à chaque étape
Documentation, validation scientifique et réponses aux questions fréquentes concernant le kit de profilage métabolomique Metabolon ™.
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En savoir plus
À propos du kit de profilage métabolomique Metabolon
Learn More about the Metabolon Verus™ Metabolomics Profiling Kit
Questions fréquemment posées
À propos du kit de profilage métabolomique Metabolon
Qu'est-ce que le kit Metabolon ?
En quoi consiste ce kit, et à qui s'adresse-t-il ?
Le kit de profilage métabolomique Metabolon vous permet de bénéficier de la référence mondiale en métabolomique directement dans votre laboratoire. Il permet aux laboratoires équipés d'instruments LC-MS de tirer parti de l'expertise Metabolonpour générer des données qui sont non seulement de haute qualité, mais aussi normalisées, comparables et reproductibles d'une étude à l'autre et d'un site à l'autre.
Grâce à une couverture étendue des métabolites et des voies métaboliques, ainsi qu'à un cadre intégré d'assurance qualité et de contrôle qualité, les chercheurs vont au-delà des simples listes de pics pour évoluer vers un environnement collaboratif de plateforme bioinformatique intégrée (IBP) fondé sur des connaissances biologiques. Les scientifiques peuvent ainsi comparer en toute confiance les groupes d'étude, hiérarchiser les biomarqueurs candidats et formuler des hypothèses mécanistiques à l'aide de modèles statistiquement robustes et d'outils intuitifs de visualisation des voies métaboliques.
Au-delà de la métabolomique seule, la plateforme bioinformatique intégrée permet une intégration multi-omique transparente. Les chercheurs peuvent y télécharger des ensembles de données protéomiques, microbiologiques, transcriptomiques et cliniques afin de réaliser des analyses intégrées, de construire des modèles prédictifs et de mettre en lumière la biologie au niveau des systèmes, accélérant ainsi les découvertes et les avancées scientifiques, le tout au sein d'une seule et même plateforme sécurisée.
Ce kit est conçu pour les plateformes de recherche, les équipes biotechnologiques et pharmaceutiques, les organismes de recherche sous contrat (CRO) et les chercheurs universitaires qui souhaitent développer la métabolomique en toute confiance, avec une reproductibilité garantie et une analyse approfondie. Il renforce la collaboration entre les équipes et les institutions, accélère l'obtention de résultats exploitables et permet aux scientifiques de transformer des données métaboliques complexes en connaissances biologiques décisives, sources de publications, de partenariats et d'innovation.
Notre pipeline interne est déjà optimisé. Pourquoi devrions-nous changer ?
L'intérêt de ce kit n'est pas de remplacer vos méthodes, mais plutôt de fournir une méthode validée et évolutive permettant d'établir des comparaisons entre différents laboratoires et études.
Qualité des données : le cadre de contrôle qualité garantit la reproductibilité, ce qui permet à vos clients de comparer directement les résultats avec ceux d'autres laboratoires, sans variation ni biais interlaboratoires. Cela permet de remédier aux principaux obstacles rencontrés en métabolomique. Indépendamment de l'opérateur ou du site, le kit offre une grande exactitude et une grande précision pour tous les métabolites analysés. Cette exactitude est comparable, voire supérieure, à celle des méthodes internes classiques pour les principales voies métaboliques (lipides, acylcarnitines, dérivés d'acides aminés, acides biliaires, acides organiques du cycle de Krebs).
Débit : vous pouvez facilement mettre cela en œuvre dans votre laboratoire sans effort supplémentaire, grâce à un traitement et à une annotation automatisés qui éliminent le travail manuel. Cela permet une meilleure allocation des ressources limitées, ce qui vous permet de prendre en charge davantage de projets et de livrer plus rapidement vos clients. Bon nombre de nos premiers utilisateurs ont fait appel à nous pour augmenter leur capacité et réduire les goulots d'étranglement, et non pour remplacer leurs méthodes internes existantes.
Analyse des données : notre plateforme bioinformatique intégrée permet à vos clients d'analyser leurs données plus rapidement, d'obtenir des informations plus tôt, de publier leurs résultats plus vite et même de vous confier davantage de projets !
Combien de temps le kit peut-il être conservé ?
Le kit peut être conservé pendant 10 mois à compter de la date d'expédition. Les kits doivent être conservés à 4 °C.
Et si je souhaite utiliser une matrice qui n'est pas encore validée, comme le LCR ou la salive ?
Le kit de profilage métabolomique Verus est actuellement validé pour le plasma/sérum et l'urine. Si vos recherches nécessitent une matrice autre que celles-ci, nous vous recommandons de consulter votre responsable d'application sur le terrain avant de poursuivre. Il pourra discuter avec vous des besoins de votre projet, en évaluer la faisabilité et vous conseiller sur la meilleure marche à suivre. Veuillez ne pas tenter d'utiliser des matrices non validées dans le cadre du protocole du kit sans cette consultation préalable.
Compatibilité et configuration
Quels instruments (LC et MS) sont compatibles ?
MS : Gamme Thermo Orbitrap
- QExactive, QExactive HF
- Orbitrap Exploris 120, 240 et 480
- Tribrid (IQX, IDX)
LC :
- UPLC Waters Acquity I-class
- Thermo Vanquish Flex ou Horizon.
Rubrique :
- Une colonne Waters BEH C18 (2,1 × 100 mm, 1,7 µm) est nécessaire pour ce kit (non fournie).
Quelle est la durée de conservation du kit ?
Le kit peut être conservé à température ambiante pendant un an maximum après l'achat ; toutefois, il est recommandé de le conserver à 4 °C.
Qui peut utiliser ce kit pour générer des données de qualité ?
Ce kit permet à un spécialiste expérimenté en spectrométrie de masse, disposant d'un équipement adapté et d'une expérience de base en matière de préparation et d'analyse d'échantillons biologiques, de générer des données. Il est vivement recommandé à tout nouvel utilisateur souhaitant utiliser ce kit d'être accompagné par un utilisateur expérimenté en spectrométrie de masse.
Pour les chercheurs qui souhaitent utiliser le kit dans leurs plateformes communes locales, nous proposons le programme « Metabolon Lab ». Ce programme s'adresse aux laboratoires ayant démontré leur capacité à générer des données de haute qualité et fiables pour divers types d'échantillons à l'aide du kit.
Nous ne disposons pas de nos propres instruments LC-MS. Pouvons-nous tout de même utiliser le kit ?
La plupart des établissements disposent d'un centre de spectrométrie de masse ou d'un centre régional. Le kit est conçu pour être rapidement mis en œuvre dans ces laboratoires centraux. Si votre laboratoire ne dispose pas d'appareils LC-MS, réservez du temps dans le centre de votre établissement et demandez à utiliser le protocole du kit Verus™.
Préparation des échantillons et plan de l'étude
Quels types d'échantillons sont pris en charge ?
À l'heure actuelle, les matrices suivantes sont prises en charge : plasma/sérum (50 µL) et urine (25 µL), disponibles pour toutes les modalités. D'autres matrices seront disponibles à l'avenir.
Puis-je utiliser différentes matrices sur une même plaque ?
Oui, l'une des caractéristiques uniques du kit de profilage métabolomique Metabolon réside dans sa conception permettant à la fois la gestion de plusieurs projets et l'utilisation de plusieurs matrices au sein d'une même plaque à 96 puits, ce qui aide les laboratoires à optimiser l'utilisation des instruments et le débit. Une seule plaque peut contenir plusieurs matrices (par exemple, plasma, urine, cellules, tissus), mais chaque projet doit utiliser une seule matrice afin de garantir la cohérence du traitement, de l'évaluation du contrôle qualité et une comparabilité biologiquement significative.
Le kit de profilage métabolomique Metabolon permet de mener des études allant de 15 échantillons pour des travaux pilotes jusqu'à 1 512 échantillons répartis sur 18 plaques, en utilisant le même protocole standardisé à toutes les échelles.
Une fois l'acquisition effectuée, le pipeline automatisé de traitement et d'annotation des données Metabolonpermet d'exécuter plusieurs projets en parallèle, chacun étant associé à la bibliothèque de matrices appropriée et aux attentes en matière de performances. Ce processus offre des résultats plus rapides, plus cohérents et plus reproductibles que la curation manuelle, et renvoie les résultats vers la plateforme bioinformatique intégrée (IBP), où les équipes peuvent interpréter les conclusions, collaborer et approfondir les analyses grâce à l'intégration multi-omique avec des données protéomiques, microbiologiques, transcriptomiques et cliniques.
Avez-vous inclus des contrôles qualité spécifiques à chaque type d'échantillon ?
Le kit comprend du plasma KQC, un échantillon de réplication technique utilisé sur l'ensemble de la plaque afin d'évaluer les performances analytiques et la cohérence tout au long de l'analyse. Les chercheurs peuvent également, s'ils le souhaitent, inclure leurs propres échantillons de réplication technique. Une matrice d'échantillons groupés peut être générée en combinant une petite quantité de chaque échantillon expérimental en un seul échantillon groupé, puis en générant des aliquotes de réplication technique à partir de celui-ci. Le nombre total de contrôles qualité expérimentaux groupés dépendra de la taille de l'étude. Pour une étude de projet portant sur 84 échantillons, nous recommandons d'injecter 8 contrôles qualité groupés à intervalles réguliers tout au long de l'analyse.
Processus, données et résultats
Quels sont les livrables ?
Le processus du kit aboutit à trois livrables essentiels, chacun étant conçu pour garantir la qualité des données et vous guider jusqu'à l'interprétation biologique :
1. Rapport du test de conformité du système (SST) : Réalisé avant chaque cycle d'ionisation, le SST permet de vérifier que les instruments ont été correctement étalonnés, que les solvants ont été préparés de manière adéquate et que les fichiers de méthode appropriés ont été sélectionnés. Un rapport indiquant si le test a été réussi ou échoué est généré afin que l'utilisateur puisse l'examiner avant de passer à l'extraction de l'échantillon.
2. Rapport de contrôle qualité des plaques (PQC) : une fois qu'une plaque a été traitée dans chaque mode d'ionisation, un contrôle PQC est effectué afin de vérifier qu'il n'y a pas d'écart de rétention ni de perte de sensibilité de l'instrument. Un rapport indiquant si le contrôle est réussi ou échoué est généré ; l'utilisateur doit l'examiner avant de soumettre les données pour traitement.
Un guide de contrôle qualité est mis à votre disposition pour vous aider à évaluer les rapports SST et PQC. Si l'une ou l'autre de ces étapes échoue, veuillez consulter le guide de dépannage avant de poursuivre.
3. Tableau de données finalisé (CDT) dans l'IBP : une fois tous les contrôles d'assurance qualité et de contrôle qualité effectués, vos données traitées et annotées sont renvoyées vers la plateforme bioinformatique intégrée (IBP), où vous pouvez immédiatement commencer l'analyse statistique, l'exploration des voies métaboliques et l'interprétation biologique à l'aide de l'ensemble complet d'outils de la plateforme.
Combien de temps dure l'ensemble du processus pour un kit ?
Le temps nécessaire à l'analyse des échantillons dépend du nombre d'échantillons traités et varie légèrement en fonction de l'expérience de l'utilisateur. En général, chaque plaque nécessite entre 2 et 4 heures d'extraction des échantillons et 4 heures de configuration de l'instrument. La durée d'analyse pour chaque mode d'ionisation est de 24 heures et de 48 heures par plaque. L'analyse des 84 échantillons contenus dans un seul kit est prévue pour être réalisée en une semaine de travail de 5 jours.
Nous recommandons vivement aux nouveaux utilisateurs de prendre le temps de se familiariser avec la documentation, notamment le guide d'utilisation, le guide de contrôle qualité et le guide de dépannage, ainsi qu'avec l'interface utilisateur et la plateforme bioinformatique intégrée, avant de commencer l'extraction des échantillons. Cela leur permettra d'utiliser le kit en toute sérénité.
Formation et assistance
Existe-t-il une formation destinée aux laboratoires qui utilisent le kit de profilage métabolomique Verus ?
Oui. Metabolon une formation complète aux laboratoires utilisant le kit de profilage métabolomique Verus via la plateforme Verus Academy :
https://verus.academy.metabolon.com/plus/
La formation porte sur les processus de travail en laboratoire, la gestion de ces processus, la communication des résultats des projets aux chercheurs collaborateurs, ainsi que l'analyse des données en aval au sein de la Plateforme intégrée de bio-informatique (IBP).
Quelles aides à la mise en route sont proposées aux nouveaux laboratoires ?
Les nouveaux laboratoires bénéficient d'un programme d'intégration complet dispensé par un spécialiste des applications sur le terrain dédié. Cette formation d'intégration est conçue pour aider les laboratoires à mettre en place avec succès leurs flux de travail, à utiliser efficacement le kit et à gérer en toute confiance leurs données et leurs projets dans l'IBP.
Existe-t-il des formations destinées aux chercheurs ?
Oui. Les chercheurs et les collaborateurs ont accès à des formations spécialisées via la Verus Researcher Academy :
https://verus-researcher.academy.metabolon.com/plus/
Cette formation offre un aperçu du processus de génération des données du kit Metabolon , en mettant principalement l'accent sur l'analyse et l'interprétation des données en aval au sein de la plateforme bioinformatique intégrée (IBP).
Quelles sont les ressources d'aide mises à la disposition des laboratoires et des chercheurs ?
Metabolon une assistance par e-mail dédiée aux laboratoires utilisant le kit Verus ainsi qu'aux chercheurs partenaires. L'assistance est disponible à l'adresse suivante :
Sécurité, confidentialité et protection des données
Où les données de Verus sont-elles traitées et stockées ?
Les données générées à l'aide du kit de profilage métabolomique Verus sont traitées au sein de l'environnement cloud sécurisé Metabolon, hébergé aux États-Unis. Les données des clients sont transférées en toute sécurité vers cette infrastructure protégée et y sont gérées.
Comment Metabolon -t-il les données de ses clients, tant en transit qu'au repos ?
Metabolon des technologies de chiffrement conformes aux normes du secteur pour protéger les données de ses clients. Les données transmises sur les réseaux publics sont sécurisées à l'aide du protocole TLS 1.2 ou d'une version supérieure, et les données stockées sont protégées par un chiffrement AES-256.
Comment les comptes utilisateurs sont-ils stockés ?
Les comptes utilisateurs sont protégés par une authentification multifactorielle (MFA), qui ajoute un niveau de sécurité supplémentaire au-delà des mots de passe et contribue à empêcher tout accès non autorisé et tout partage de compte. L'accès aux systèmes est également géré par le biais d'autorisations basées sur les rôles et de workflows d'approbation.
Les activités sur la plateforme font-elles l'objet d'un suivi et sont-elles traçables ?
Oui. Metabolon capacités d'audit interne et de suivi des activités afin d'assurer la surveillance de la sécurité, la responsabilité et les enquêtes relatives aux incidents opérationnels ou de sécurité. Ces journaux d'audit s'inscrivent dans le cadre des processus internes de sécurité et de conformité Metabolonet ne sont pas accessibles aux utilisateurs de la plateforme. Les journaux sont conservés pendant au moins trois ans, ne sont accessibles qu'aux membres autorisés Metabolon et sont protégés contre toute modification ou suppression.
Metabolon -t-il les normes reconnues en matière de sécurité et de confidentialité ?
Oui. Metabolon un programme complet de sécurité de l'information et de gouvernance des données, conforme aux meilleures pratiques du secteur et aux normes internationales en matière de protection de la vie privée, notamment aux exigences du RGPD, de la loi HIPAA et de la loi CCPA. La supervision de la sécurité et de la protection de la vie privée est assurée par une équipe de direction dédiée à la sécurité de l'information et à la protection des données, et s'inscrit dans le cadre de la norme ISO 27001.
Comment Metabolon les incidents de sécurité ?
Metabolon procédures documentées de gestion des incidents, assorties d'une surveillance et d'une capacité d'intervention 24 heures sur 24, 7 jours sur 7. L'état de préparation en matière de sécurité est régulièrement testé au moyen de simulations et d'exercices sur table afin de garantir la détection, le confinement et la résolution rapides des incidents.
Comment Metabolon -il la fiabilité de sa plateforme et la continuité de ses activités ?
Metabolon des procédures officielles de continuité des activités et de reprise après sinistre, comprenant notamment des sauvegardes contrôlées, des tests de reprise et des objectifs de reprise clairement définis, afin de garantir la résilience opérationnelle et l'intégrité des données.
Comment Metabolon les vulnérabilités ?
Metabolon un programme officiel de gestion des vulnérabilités visant à identifier, évaluer, hiérarchiser, corriger et vérifier les failles de sécurité au sein des systèmes d'entreprise, des applications, des terminaux, des équipements réseau, des environnements cloud et des plateformes tierces concernées. Des analyses de vulnérabilité sont effectuées régulièrement, notamment des analyses périodiques, et les mesures correctives sont classées par ordre de priorité en fonction de la gravité, de l'exploitabilité et du risque opérationnel. Metabolon réalise Metabolon des tests d'intrusion et des évaluations de la sécurité des applications, et les résultats identifiés font l'objet d'un suivi tout au long du processus de correction, de validation et de clôture. Le déploiement des correctifs et les activités de correction sont pris en charge par des outils tels qu'Automox, sous la supervision du service de sécurité de l'information et des responsables des systèmes concernés.
Foire aux questions sur le kit de profilage métabolomique Metabolon
Qu'est-ce que le kit Metabolon ?
En quoi consiste ce kit, et à qui s'adresse-t-il ?
Le kit de profilage métabolomique Metabolon vous permet de bénéficier de la référence mondiale en métabolomique directement dans votre laboratoire. Il permet aux laboratoires équipés d'instruments LC-MS de tirer parti de l'expertise Metabolonpour générer des données qui sont non seulement de haute qualité, mais aussi normalisées, comparables et reproductibles d'une étude à l'autre et d'un site à l'autre.
Grâce à une couverture étendue des métabolites et des voies métaboliques, ainsi qu'à un cadre intégré d'assurance qualité et de contrôle qualité, les chercheurs vont au-delà des simples listes de pics pour évoluer vers un environnement collaboratif de plateforme bioinformatique intégrée (IBP) fondé sur des connaissances biologiques. Les scientifiques peuvent ainsi comparer en toute confiance les groupes d'étude, hiérarchiser les biomarqueurs candidats et formuler des hypothèses mécanistiques à l'aide de modèles statistiquement robustes et d'outils intuitifs de visualisation des voies métaboliques.
Au-delà de la métabolomique seule, la plateforme bioinformatique intégrée permet une intégration multi-omique transparente. Les chercheurs peuvent y télécharger des ensembles de données protéomiques, microbiologiques, transcriptomiques et cliniques afin de réaliser des analyses intégrées, de construire des modèles prédictifs et de mettre en lumière la biologie au niveau des systèmes, accélérant ainsi les découvertes et les avancées scientifiques, le tout au sein d'une seule et même plateforme sécurisée.
Ce kit est conçu pour les plateformes de recherche, les équipes biotechnologiques et pharmaceutiques, les organismes de recherche sous contrat (CRO) et les chercheurs universitaires qui souhaitent développer la métabolomique en toute confiance, avec une reproductibilité garantie et une analyse approfondie. Il renforce la collaboration entre les équipes et les institutions, accélère l'obtention de résultats exploitables et permet aux scientifiques de transformer des données métaboliques complexes en connaissances biologiques décisives, sources de publications, de partenariats et d'innovation.
Notre pipeline interne est déjà optimisé. Pourquoi devrions-nous changer ?
L'intérêt de ce kit n'est pas de remplacer vos méthodes, mais plutôt de fournir une méthode validée et évolutive permettant d'établir des comparaisons entre différents laboratoires et études.
Qualité des données : le cadre de contrôle qualité garantit la reproductibilité, ce qui permet à vos clients de comparer directement les résultats avec ceux d'autres laboratoires, sans variation ni biais interlaboratoires. Cela permet de remédier aux principaux obstacles rencontrés en métabolomique. Indépendamment de l'opérateur ou du site, le kit offre une grande exactitude et une grande précision pour tous les métabolites analysés. Cette exactitude est comparable, voire supérieure, à celle des méthodes internes classiques pour les principales voies métaboliques (lipides, acylcarnitines, dérivés d'acides aminés, acides biliaires, acides organiques du cycle de Krebs).
Débit : vous pouvez facilement mettre cela en œuvre dans votre laboratoire sans effort supplémentaire, grâce à un traitement et à une annotation automatisés qui éliminent le travail manuel. Cela permet une meilleure allocation des ressources limitées, ce qui vous permet de prendre en charge davantage de projets et de livrer plus rapidement vos clients. Bon nombre de nos premiers utilisateurs ont fait appel à nous pour augmenter leur capacité et réduire les goulots d'étranglement, et non pour remplacer leurs méthodes internes existantes.
Analyse des données : notre plateforme bioinformatique intégrée permet à vos clients d'analyser leurs données plus rapidement, d'obtenir des informations plus tôt, de publier leurs résultats plus vite et même de vous confier davantage de projets !
Combien de temps le kit peut-il être conservé ?
Le kit peut être conservé pendant 10 mois à compter de la date d'expédition. Les kits doivent être conservés à 4 °C.
Et si je souhaite utiliser une matrice qui n'est pas encore validée, comme le LCR ou la salive ?
Le kit de profilage métabolomique Verus est actuellement validé pour le plasma/sérum et l'urine. Si vos recherches nécessitent une matrice autre que celles-ci, nous vous recommandons de consulter votre responsable d'application sur le terrain avant de poursuivre. Il pourra discuter avec vous des besoins de votre projet, en évaluer la faisabilité et vous conseiller sur la meilleure marche à suivre. Veuillez ne pas tenter d'utiliser des matrices non validées dans le cadre du protocole du kit sans cette consultation préalable.
Compatibilité et configuration
Quels instruments (LC et MS) sont compatibles ?
MS : Gamme Thermo Orbitrap
- QExactive, QExactive HF
- Orbitrap Exploris 120, 240 et 480
- Tribrid (IQX, IDX)
LC :
- UPLC Waters Acquity I-class
- Thermo Vanquish Flex ou Horizon.
Rubrique :
- Une colonne Waters BEH C18 (2,1 × 100 mm, 1,7 µm) est nécessaire pour ce kit (non fournie).
Quelle est la durée de conservation du kit ?
Le kit peut être conservé à température ambiante pendant un an maximum après l'achat ; toutefois, il est recommandé de le conserver à 4 °C.
Qui peut utiliser ce kit pour générer des données de qualité ?
Ce kit permet à un spécialiste expérimenté en spectrométrie de masse, disposant d'un équipement adapté et d'une expérience de base en matière de préparation et d'analyse d'échantillons biologiques, de générer des données. Il est vivement recommandé à tout nouvel utilisateur souhaitant utiliser ce kit d'être accompagné par un utilisateur expérimenté en spectrométrie de masse.
Pour les chercheurs qui souhaitent utiliser le kit dans leurs plateformes communes locales, nous proposons le programme « Metabolon Lab ». Ce programme s'adresse aux laboratoires ayant démontré leur capacité à générer des données de haute qualité et fiables pour divers types d'échantillons à l'aide du kit.
Nous ne disposons pas de nos propres instruments LC-MS. Pouvons-nous tout de même utiliser le kit ?
La plupart des établissements disposent d'un centre de spectrométrie de masse ou d'un centre régional. Le kit est conçu pour être rapidement mis en œuvre dans ces laboratoires centraux. Si votre laboratoire ne dispose pas d'appareils LC-MS, réservez du temps dans le centre de votre établissement et demandez à utiliser le protocole du kit Verus™.
Préparation des échantillons et plan de l'étude
Quels types d'échantillons sont pris en charge ?
À l'heure actuelle, les matrices suivantes sont prises en charge : plasma/sérum (50 µL) et urine (25 µL), disponibles pour toutes les modalités. D'autres matrices seront disponibles à l'avenir.
Puis-je utiliser différentes matrices sur une même plaque ?
Oui, l'une des caractéristiques uniques du kit de profilage métabolomique Metabolon réside dans sa conception permettant à la fois la gestion de plusieurs projets et l'utilisation de plusieurs matrices au sein d'une même plaque à 96 puits, ce qui aide les laboratoires à optimiser l'utilisation des instruments et le débit. Une seule plaque peut contenir plusieurs matrices (par exemple, plasma, urine, cellules, tissus), mais chaque projet doit utiliser une seule matrice afin de garantir la cohérence du traitement, de l'évaluation du contrôle qualité et une comparabilité biologiquement significative.
Le kit de profilage métabolomique Metabolon permet de mener des études allant de 15 échantillons pour des travaux pilotes jusqu'à 1 512 échantillons répartis sur 18 plaques, en utilisant le même protocole standardisé à toutes les échelles.
Une fois l'acquisition effectuée, le pipeline automatisé de traitement et d'annotation des données Metabolonpermet d'exécuter plusieurs projets en parallèle, chacun étant associé à la bibliothèque de matrices appropriée et aux attentes en matière de performances. Ce processus offre des résultats plus rapides, plus cohérents et plus reproductibles que la curation manuelle, et renvoie les résultats vers la plateforme bioinformatique intégrée (IBP), où les équipes peuvent interpréter les conclusions, collaborer et approfondir les analyses grâce à l'intégration multi-omique avec des données protéomiques, microbiologiques, transcriptomiques et cliniques.
Avez-vous inclus des contrôles qualité spécifiques à chaque type d'échantillon ?
Le kit comprend du plasma KQC, un échantillon de réplication technique utilisé sur l'ensemble de la plaque afin d'évaluer les performances analytiques et la cohérence tout au long de l'analyse. Les chercheurs peuvent également, s'ils le souhaitent, inclure leurs propres échantillons de réplication technique. Une matrice d'échantillons groupés peut être générée en combinant une petite quantité de chaque échantillon expérimental en un seul échantillon groupé, puis en générant des aliquotes de réplication technique à partir de celui-ci. Le nombre total de contrôles qualité expérimentaux groupés dépendra de la taille de l'étude. Pour une étude de projet portant sur 84 échantillons, nous recommandons d'injecter 8 contrôles qualité groupés à intervalles réguliers tout au long de l'analyse.
Processus, données et résultats
Quels sont les livrables ?
Le processus du kit aboutit à trois livrables essentiels, chacun étant conçu pour garantir la qualité des données et vous guider jusqu'à l'interprétation biologique :
1. Rapport du test de conformité du système (SST) : Réalisé avant chaque cycle d'ionisation, le SST permet de vérifier que les instruments ont été correctement étalonnés, que les solvants ont été préparés de manière adéquate et que les fichiers de méthode appropriés ont été sélectionnés. Un rapport indiquant si le test a été réussi ou échoué est généré afin que l'utilisateur puisse l'examiner avant de passer à l'extraction de l'échantillon.
2. Rapport de contrôle qualité des plaques (PQC) : une fois qu'une plaque a été traitée dans chaque mode d'ionisation, un contrôle PQC est effectué afin de vérifier qu'il n'y a pas d'écart de rétention ni de perte de sensibilité de l'instrument. Un rapport indiquant si le contrôle est réussi ou échoué est généré ; l'utilisateur doit l'examiner avant de soumettre les données pour traitement.
Un guide de contrôle qualité est mis à votre disposition pour vous aider à évaluer les rapports SST et PQC. Si l'une ou l'autre de ces étapes échoue, veuillez consulter le guide de dépannage avant de poursuivre.
3. Tableau de données finalisé (CDT) dans l'IBP : une fois tous les contrôles d'assurance qualité et de contrôle qualité effectués, vos données traitées et annotées sont renvoyées vers la plateforme bioinformatique intégrée (IBP), où vous pouvez immédiatement commencer l'analyse statistique, l'exploration des voies métaboliques et l'interprétation biologique à l'aide de l'ensemble complet d'outils de la plateforme.
Combien de temps dure l'ensemble du processus pour un kit ?
Le temps nécessaire à l'analyse des échantillons dépend du nombre d'échantillons traités et varie légèrement en fonction de l'expérience de l'utilisateur. En général, chaque plaque nécessite entre 2 et 4 heures d'extraction des échantillons et 4 heures de configuration de l'instrument. La durée d'analyse pour chaque mode d'ionisation est de 24 heures et de 48 heures par plaque. L'analyse des 84 échantillons contenus dans un seul kit est prévue pour être réalisée en une semaine de travail de 5 jours.
Nous recommandons vivement aux nouveaux utilisateurs de prendre le temps de se familiariser avec la documentation, notamment le guide d'utilisation, le guide de contrôle qualité et le guide de dépannage, ainsi qu'avec l'interface utilisateur et la plateforme bioinformatique intégrée, avant de commencer l'extraction des échantillons. Cela leur permettra d'utiliser le kit en toute sérénité.
Formation et assistance
Existe-t-il une formation destinée aux laboratoires qui utilisent le kit de profilage métabolomique Verus ?
Oui. Metabolon une formation complète aux laboratoires utilisant le kit de profilage métabolomique Verus via la plateforme Verus Academy :
https://verus.academy.metabolon.com/plus/
La formation porte sur les processus de travail en laboratoire, la gestion de ces processus, la communication des résultats des projets aux chercheurs collaborateurs, ainsi que l'analyse des données en aval au sein de la Plateforme intégrée de bio-informatique (IBP).
Quelles aides à la mise en route sont proposées aux nouveaux laboratoires ?
Les nouveaux laboratoires bénéficient d'un programme d'intégration complet dispensé par un spécialiste des applications sur le terrain dédié. Cette formation d'intégration est conçue pour aider les laboratoires à mettre en place avec succès leurs flux de travail, à utiliser efficacement le kit et à gérer en toute confiance leurs données et leurs projets dans l'IBP.
Existe-t-il des formations destinées aux chercheurs ?
Oui. Les chercheurs et les collaborateurs ont accès à des formations spécialisées via la Verus Researcher Academy :
https://verus-researcher.academy.metabolon.com/plus/
Cette formation offre un aperçu du processus de génération des données du kit Metabolon , en mettant principalement l'accent sur l'analyse et l'interprétation des données en aval au sein de la plateforme bioinformatique intégrée (IBP).
Quelles sont les ressources d'aide mises à la disposition des laboratoires et des chercheurs ?
Metabolon une assistance par e-mail dédiée aux laboratoires utilisant le kit Verus ainsi qu'aux chercheurs partenaires. L'assistance est disponible à l'adresse suivante :
Sécurité, confidentialité et protection des données
Où les données de Verus sont-elles traitées et stockées ?
Les données générées à l'aide du kit de profilage métabolomique Verus sont traitées au sein de l'environnement cloud sécurisé Metabolon, hébergé aux États-Unis. Les données des clients sont transférées en toute sécurité vers cette infrastructure protégée et y sont gérées.
Comment Metabolon -t-il les données de ses clients, tant en transit qu'au repos ?
Metabolon des technologies de chiffrement conformes aux normes du secteur pour protéger les données de ses clients. Les données transmises sur les réseaux publics sont sécurisées à l'aide du protocole TLS 1.2 ou d'une version supérieure, et les données stockées sont protégées par un chiffrement AES-256.
Comment les comptes utilisateurs sont-ils stockés ?
Les comptes utilisateurs sont protégés par une authentification multifactorielle (MFA), qui ajoute un niveau de sécurité supplémentaire au-delà des mots de passe et contribue à empêcher tout accès non autorisé et tout partage de compte. L'accès aux systèmes est également géré par le biais d'autorisations basées sur les rôles et de workflows d'approbation.
Les activités sur la plateforme font-elles l'objet d'un suivi et sont-elles traçables ?
Oui. Metabolon capacités d'audit interne et de suivi des activités afin d'assurer la surveillance de la sécurité, la responsabilité et les enquêtes relatives aux incidents opérationnels ou de sécurité. Ces journaux d'audit s'inscrivent dans le cadre des processus internes de sécurité et de conformité Metabolonet ne sont pas accessibles aux utilisateurs de la plateforme. Les journaux sont conservés pendant au moins trois ans, ne sont accessibles qu'aux membres autorisés Metabolon et sont protégés contre toute modification ou suppression.
Metabolon -t-il les normes reconnues en matière de sécurité et de confidentialité ?
Oui. Metabolon un programme complet de sécurité de l'information et de gouvernance des données, conforme aux meilleures pratiques du secteur et aux normes internationales en matière de protection de la vie privée, notamment aux exigences du RGPD, de la loi HIPAA et de la loi CCPA. La supervision de la sécurité et de la protection de la vie privée est assurée par une équipe de direction dédiée à la sécurité de l'information et à la protection des données, et s'inscrit dans le cadre de la norme ISO 27001.
Comment Metabolon les incidents de sécurité ?
Metabolon procédures documentées de gestion des incidents, assorties d'une surveillance et d'une capacité d'intervention 24 heures sur 24, 7 jours sur 7. L'état de préparation en matière de sécurité est régulièrement testé au moyen de simulations et d'exercices sur table afin de garantir la détection, le confinement et la résolution rapides des incidents.
Comment Metabolon -il la fiabilité de sa plateforme et la continuité de ses activités ?
Metabolon des procédures officielles de continuité des activités et de reprise après sinistre, comprenant notamment des sauvegardes contrôlées, des tests de reprise et des objectifs de reprise clairement définis, afin de garantir la résilience opérationnelle et l'intégrité des données.
Comment Metabolon les vulnérabilités ?
Metabolon un programme officiel de gestion des vulnérabilités visant à identifier, évaluer, hiérarchiser, corriger et vérifier les failles de sécurité au sein des systèmes d'entreprise, des applications, des terminaux, des équipements réseau, des environnements cloud et des plateformes tierces concernées. Des analyses de vulnérabilité sont effectuées régulièrement, notamment des analyses périodiques, et les mesures correctives sont classées par ordre de priorité en fonction de la gravité, de l'exploitabilité et du risque opérationnel. Metabolon réalise Metabolon des tests d'intrusion et des évaluations de la sécurité des applications, et les résultats identifiés font l'objet d'un suivi tout au long du processus de correction, de validation et de clôture. Le déploiement des correctifs et les activités de correction sont pris en charge par des outils tels qu'Automox, sous la supervision du service de sécurité de l'information et des responsables des systèmes concernés.
