Guía de la multiómica
Capítulo 1 - Introducción a la multiómica
En este capítulo ofrecemos una breve visión general de la multiómica, incluidas las modalidades ómicas individuales, la importancia de los estudios multiómicos y el futuro de la investigación multiómica.
¿Qué es la multiómica?
Históricamente, nuestra comprensión del funcionamiento de los organismos se ha visto facilitada en gran medida por el estudio de aspectos individuales: el genoma, las proteínas, los metabolitos o incluso las firmas epigenéticas. Aunque estos enfoques aportan importantes conocimientos que han conducido al desarrollo de increíbles medicamentos, avances en la producción de alimentos y estrategias de protección del medio ambiente, sólo representan una pequeña pieza del rompecabezas.
La multiómica es la combinación de múltiples metodologías uniómicas (por ejemplo, genómica, transcriptómica, proteómica, epigenómica y metabolómica) para obtener una comprensión más holística de los mecanismos biológicos y las relaciones entre genotipos y fenotipos1.
Los estudios multiómicos pueden ayudar a identificar mecanismos causales y, por tanto, biomarcadores diagnósticos y terapéuticos2. Estos estudios se ven cada vez más facilitados por los avances en las tecnologías de alto rendimiento y los enfoques bioinformáticos avanzados3.
Tipos de datos ómicos
Los estudios ómicos proporcionan evaluaciones exhaustivas (es decir, "globales") de la molécula en cuestión2. Por ejemplo, mientras que el campo de la genética puede interrogar a genes individuales o variantes, el campo de la genómica estudia el genoma completo de un organismo (incluidas las regiones no codificantes) y cómo los diferentes genes interactúan entre sí y con el entorno4. Este enfoque integral permite identificar correlaciones importantes que, de otro modo, podrían pasar desapercibidas.
Existen múltiples enfoques ómicos diferentes, pero en general pueden clasificarse de la siguiente manera:
- Genómica: La genómica es el estudio del conjunto completo de ADN de un organismo o de una muestra ambiental, el genoma5, mediante (la mayoría de las veces) la secuenciación, el ensamblaje y el análisis de alto rendimiento.
- Epigenómica: La epigenómica es el estudio de todos los compuestos químicos y proteínas que se adhieren al ADN y modifican la expresión génica y la producción posterior de proteínas6. Las modificaciones del ADN pueden dividirse en dos grupos: metilación y modificación de las histonas.
- Transcriptómica: La transcriptómica es el estudio del conjunto completo de transcripciones de ARN de un organismo o de una muestra ambiental (es decir, las lecturas de los genes)7. La transcriptómica es el siguiente nivel de la genómica, ya que va más allá de los genes que están presentes y se centra en los genes que se transcriben.
- Proteómica: La proteómica es el estudio de la estructura, función, composición e interacciones de las proteínas presentes en un organismo o muestra ambiental en un momento determinado8,9.
- Metabolómica: La metabolómica es el estudio de todos los metabolitos presentes en un organismo o muestra ambiental, especialmente en relación con las influencias genéticas y ambientales10. La lipidómica -el estudio de todas las moléculas lipídicas presentes en una muestra- es una rama especializada de la metabolómica11.
Figura 1. La relación entre múltiples tipos de ómicas en la investigación multiómica2. Cada capa ómica puede afectar a otra capa ómica de formas múltiples, complejas y bidireccionales (flechas). Los análisis multiómicos pueden empezar con el genoma y añadir capas, o empezar con lecturas fenotípicas y añadir capas.
Breve historia de la investigación multiómica
Aunque muchos atribuyen a la genómica el mérito de ser el primer enfoque ómico que se desarrolló, un examen detenido de la historia revela que las técnicas genómicas, transcriptómicas, proteómicas e incluso metabolómicas se desarrollaron en gran medida de forma paralela (aunque la epigenómica y la investigación del microbioma aparecieron más tarde)8,16-19.
No obstante, las semillas de la investigación multiómica se plantaron con la secuencia completa20 del genoma humano por parte del Consorcio Internacional de Secuenciación del Genoma Humano (una idea que nació a principios de los años 9016). La tecnología y los métodos de análisis de datos en los que se basó este esfuerzo hercúleo -que reveló un enorme potencial para el descubrimiento biológico y las consiguientes implicaciones para la salud humana- se convirtieron en la base para combinar múltiples conjuntos de datos ómicos.
Sin embargo, la combinación de múltiples conjuntos de datos ómicos no es sencilla y requiere una cantidad significativa de tiempo, habilidad y perspicacia con diversas herramientas y técnicas analíticas2,21. Como en cualquier estudio científico, el éxito de los estudios de investigación multiómica requiere un diseño riguroso. En el siguiente capítulo de esta guía, analizamos algunos de los retos asociados a la investigación multiómica y los pasos que puede seguir para diseñar su estudio.
El futuro de la multiómica
Mientras se pulen las técnicas de investigación multiómica de "primera generación", el desarrollo de la próxima generación de técnicas multiómicas está muy avanzado. El futuro de la multiómica y, posiblemente, de la medicina humana en su conjunto, reside en dos áreas prometedoras (que trataremos con más detalle en el último capítulo de esta guía):
- Multiómica unicelular: Los análisis unicelulares22 permiten a los investigadores estudiar las células con la máxima resolución posible. Al centrarse en células individuales, se pueden identificar descubrimientos importantes, como tipos celulares raros implicados en enfermedades o mejores dianas terapéuticas. La secuenciación unicelular de ADN y ARN fue nombrada "Método del Año 2013" por Nature23 y desde entonces ha contribuido de forma importante a nuestra comprensión de la biología y de diversos mecanismos de enfermedad24. A medida que maduren la genómica/transcriptómica unicelular, la proteómica, la metabolómica y otras técnicas, los estudios multiómicos unicelulares serán cada vez más comunes.
- Multiómica espacial: Del mismo modo que las técnicas ómicas aisladas no pueden ofrecer una imagen completa de un mecanismo biológico, los análisis unicelulares son necesariamente limitados. Los análisis espaciales sitúan a las células en el contexto de las demás, proporcionando una visión más holística de los procesos de salud y enfermedad. La transcriptómica espacial, por ejemplo, ya ha proporcionado pistas clave sobre las características específicas del microentorno tumoral que afectan a las respuestas al tratamiento25-26. Al igual que ocurre con los análisis unicelulares, la combinación de múltiples enfoques ómicos espaciales tiene un importante futuro en la investigación científica27.
Conclusiones
La historia de la multiómica es un testimonio de la rápida evolución de la ciencia biomédica. Lo que comenzó con la cartografía del genoma humano se ha convertido en un enfoque integrado que promete revolucionar nuestra comprensión de la biología. Aunque aún quedan retos por delante, el futuro de la multiómica encierra un inmenso potencial para el avance de la ciencia y la mejora de la salud humana. En el próximo capítulo, profundizaremos en los retos asociados al análisis multiómico y en cómo diseñar un estudio de investigación multiómico sólido.
Continuar con Capítulo 2 - Diseño de un estudio multiómico
En este capítulo ofrecemos una visión general de algunos de los principales retos asociados al análisis de conjuntos de datos multiómicos
Referencias
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