Por qué Metabolon
Metabolomics is a rapidly advancing field that provides valuable insights into the complexity of biological systems. The metabolome, resulting from an individual’s environment and genome, is the closest representation of an organism’s phenotype. Metabolomics has shown great potential in understanding biological processes, advancing drug development, biomarker discovery, environmental research, and precision medicine. However, a significant challenge in untargeted metabolomics remains the comprehensive translation of raw data into the identification (annotation) of metabolites required for valid biological insights.
Raw spectral data files are the initial data generated during a mass spectrometry-based metabolomic analysis. They contain a wealth of information about the metabolites present in a sample, including their chemical structure, concentration, and interactions with other molecules.
Despite containing thousands of data points, extracting meaningful and biologically relevant information can be difficult as the processing and analysis of these files is time-intensive and requires experience to ensure quality.
Additionally, the analysis of the same dataset with different software tools can also yield different results, highlighting the lack of standardization in the still nascent field.
At Metabolon, we have leveraged more than 20+ years of experience performing metabolomic analyses to build world-class ML/AI-based software tools to facilitate these processes in a robust and scalable manner.
Customers across academia, population health, pharmaceuticals, and biotech send us their samples, and Metabolon provides an end-to-end service from sample extraction to data interpretation. We strive to provide the highest quality metabolomics services available to advance your science by delivering actionable insights from your data.
As the market leader, our repository of data assets has reached a pivotal level where these resources enable de novo exploration and discovery. These capabilities are integral to providing an in-depth mechanistic understanding of a myriad of diseases, diagnostics, and drug development. This endeavor extends beyond our internal initiatives, encompassing collaborative efforts with our clients who are actively seeking out innovative solutions.
To find out more about metabolomics raw spectral data, explore these resources:
See these frequently asked questions for more information about Metabolon’s spectral data deliverables:
Los datos incluidos en la entrega de datos espectrales se generan a partir de la misma plataforma LC-MS y se someten al mismo proceso de control de calidad de la plataforma que los datos incluidos en nuestras otras entregas Global Discovery Panel .
Mientras que otros entregables (no espectrales) Global Discovery Panel incluyen metabolitos con nombre (CDT), el entregable de datos espectrales simplemente proporciona información sobre los iones que se midieron a partir de las muestras del cliente.
Para los entregables no espectrales Global Discovery Panel , Metabolon utiliza herramientas personalizadas para procesar los datos espectrales en metabolitos con nombre y abundancia. Estos entregables no espectrales Global Discovery Panel Panel también pueden utilizarse con la Plataforma Bioinformática Integrada. La Plataforma Bioinformática conecta estos metabolitos con la base de datos de metabolitos de Metabolony las herramientas que permiten a los investigadores aprovechar la amplia experiencia de Metabolonen bioquímica para avanzar en sus objetivos de investigación.
Los datos espectrales no serán útiles para todo el mundo. La tabla de datos de clientes y la plataforma bioinformática integrada siguen siendo las formas más útiles de trabajar con los datos metabolómicos de Metabolon.
Estos otros entregables y herramientas (no espectrales) impulsan los conocimientos biológicos al proporcionar abundancias de metabolitos con nombre que permiten a los clientes aprovechar los amplios conocimientos y experiencia bioquímicos de Metabolon.
A algunos investigadores les puede gustar la información sobre las características de los iones en los datos espectrales para cumplir con los requisitos de datos brutos de su institución, revista o agencia de financiación. Otros investigadores pueden tener como objetivo utilizar los datos espectrales para extraer las características para obtener información adicional más allá de los entregados con los entregables de Metabolonque contienen metabolitos nombrados.
Aunque se pueden utilizar muchas herramientas disponibles públicamente para trabajar con datos espectrales, es esencial tener en cuenta que el uso de estas herramientas para extraer datos en busca de conocimientos adicionales es una tarea bioinformática difícil que puede producir resultados engañosos si no se evalúan adecuadamente. Por esta razón, Metabolon ha pasado dos décadas ampliando nuestra biblioteca de identificaciones de Nivel 1, perfeccionando el software de anotación de metabolitos adaptado a nuestra plataforma, y desarrollando una Plataforma Bioinformática que proporciona conocimientos biológicos a partir de conjuntos de datos metabolómicos, y no respaldamos ninguna herramienta disponible públicamente que trabaje con datos espectrales.
Por favor, lea a continuación para evaluar mejor su necesidad de la entrega de datos espectrales.
Encontrará más información sobre cómo trabajar con datos espectrales en nuestra Guía de utilización de datos espectrales.
El entregable de datos espectrales está disponible para su solicitud como entregable adicional con los productos Global Discovery Panel con contratos ejecutados a partir de 2024.
Los datos espectrales no están disponibles para proyectos con contratos ejecutados antes de 2024.
Cada programa de investigación es único y tendrá su propia forma de trabajar con los datos espectrales. Algunos usos comunes son el reprocesamiento de datos, el control de calidad de datos, los cálculos de desviaciones estándar relativas (RSD) a partir de datos de réplicas técnicas y la extracción de características para nuevos descubrimientos.
Tenga en cuenta que Metabolon ya ha aplicado rigurosos protocolos de QA y QC para informar de los datos de metabolitos con nombre incluidos en el otro Global Discovery Panel (Tabla de Datos de Clientes, Mapa de Calor y Pipeline Bioinformático Integrado).
Existen varias herramientas de código abierto para trabajar con datos espectrales, como se describe en nuestra Guía de utilización de datos espectrales.
Metabolon no utiliza ninguna de las herramientas descritas en la guía o en otros lugares.
Trabajar con datos espectrales puede ser todo un reto. Los pasos del procesamiento de datos -desde la selección de picos y la extracción de características hasta la identificación y verificación de compuestos- están llenos de desafíos y trampas que pueden dar lugar a conjuntos de datos inexactos si no se aprovechan las herramientas y los conocimientos adecuados.
Metabolon ha desarrollado herramientas personalizadas, utilizadas bajo rigurosos protocolos de QA y QC, que garantizan que cada uno de estos pasos conduzca a un conjunto de datos precisos. Por ese motivo, no utilizamos otras herramientas que se emplean habitualmente para trabajar con datos espectrales.
Consulte la Guía de utilización de datos espectrales para obtener más información sobre las herramientas disponibles para trabajar con datos espectrales.
Para los contratos que incluyan el entregable opcional de datos espectrales, el entregable estará disponible para su descarga en el Portal del Cliente en el momento de la entrega de los demás entregables del proyecto.
Los datos espectrales permanecerán disponibles en el Portal del Cliente durante un año tras la entrega del proyecto; pasado ese tiempo, pasarán a "almacenamiento en frío" y podrán recuperarse previo pago de una tasa administrativa.
Tenga en cuenta que los datos espectrales entregables pueden tener un gran volumen de datos (hasta 100 GB) y pueden requerir adaptaciones especiales que requieren planificación con el apoyo de su equipo de TI.
El Portal del Cliente contendrá información sobre el volumen de datos espectrales de su proyecto para que pueda planificar en consecuencia la descarga y el trabajo con los datos.
A partir de 2024, los datos espectrales podrán añadirse a los contratos de productos Global Discovery Panel como producto adicional sin coste adicional.
Si el contrato original del proyecto se ejecutó en 2024 (o después), pero los datos espectrales no se añadieron como entregables en el contrato original, los clientes pueden obtener los datos espectrales entregables mediante una orden de cambio.
Fueron necesarios cambios en los procesos y la infraestructura para que Metabolon pudiera proporcionar los datos espectrales. Los datos espectrales no están disponibles para proyectos con contratos ejecutados antes de 2024.
Una vez que se comprende todo el valor de la metabolómica, la única pregunta que queda es: ¿quién lo hace mejor? Aunque muchos laboratorios cuentan con capacidades para la elaboración de perfiles de metabolitos o de química analítica, las tecnologías de metabolómica integrales son extremadamente escasas.
La identificación precisa e imparcial de los metabolitos en todo el metaboloma plantea retos en cuanto a la relación señal-ruido que muy pocos laboratorios están preparados para afrontar. Además, convertir cantidades ingentes de datos en información útil resulta lento, cuando no imposible, para la mayoría, ya que una interpretación adecuada requiere dos elementos de los que se carece: experiencia y una base de datos exhaustiva.
Gracias a nuestra sólida plataforma y a nuestras herramientas de visualización, nuestros expertos son los únicos capaces de ofrecerle más información sobre su molécula y desarrollar paneles de ensayos que le ayuden a concentrarse en los resultados que necesita.
Cobertura
Capacidad para interrogar a miles de metabolitos a través de diversos espacios bioquímicos, revelando nuevos conocimientos y oportunidades.
Comparabilidad
Capacidad para integrar los datos de diferentes estudios en el mismo conjunto de datos, en diferentes geografías, entre diferentes pacientes a lo largo del tiempo.
Competencia
Capacidad para informar sobre el diseño adecuado de los estudios, generar datos de alta calidad, obtener conocimientos biológicos y formular recomendaciones prácticas.
Capacidad
Capacidad para procesar cientos de miles de muestras de forma rápida y rentable para dar servicio a una demanda en rápido crecimiento.
Solicite un presupuesto para nuestros servicios, obtenga más información sobre tipos de muestras y procedimientos de manipulación, solicite una carta de apoyo o envíe una pregunta sobre cómo la metabolómica puede hacer avanzar su investigación.
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