Pourquoi Metabolon
Metabolomics is a rapidly advancing field that provides valuable insights into the complexity of biological systems. The metabolome, resulting from an individual’s environment and genome, is the closest representation of an organism’s phenotype. Metabolomics has shown great potential in understanding biological processes, advancing drug development, biomarker discovery, environmental research, and precision medicine. However, a significant challenge in untargeted metabolomics remains the comprehensive translation of raw data into the identification (annotation) of metabolites required for valid biological insights.
Raw spectral data files are the initial data generated during a mass spectrometry-based metabolomic analysis. They contain a wealth of information about the metabolites present in a sample, including their chemical structure, concentration, and interactions with other molecules.
Despite containing thousands of data points, extracting meaningful and biologically relevant information can be difficult as the processing and analysis of these files is time-intensive and requires experience to ensure quality.
Additionally, the analysis of the same dataset with different software tools can also yield different results, highlighting the lack of standardization in the still nascent field.
At Metabolon, we have leveraged more than 20+ years of experience performing metabolomic analyses to build world-class ML/AI-based software tools to facilitate these processes in a robust and scalable manner.
Customers across academia, population health, pharmaceuticals, and biotech send us their samples, and Metabolon provides an end-to-end service from sample extraction to data interpretation. We strive to provide the highest quality metabolomics services available to advance your science by delivering actionable insights from your data.
As the market leader, our repository of data assets has reached a pivotal level where these resources enable de novo exploration and discovery. These capabilities are integral to providing an in-depth mechanistic understanding of a myriad of diseases, diagnostics, and drug development. This endeavor extends beyond our internal initiatives, encompassing collaborative efforts with our clients who are actively seeking out innovative solutions.
To find out more about metabolomics raw spectral data, explore these resources:
See these frequently asked questions for more information about Metabolon’s spectral data deliverables:
Les données incluses dans les données spectrales sont générées à partir de la même plateforme LC-MS et sont soumises au même processus de contrôle qualité que les données incluses dans les autres produits livrables de notre Global Discovery Panel .
Alors que d'autres produits livrables (non spectraux) Global Discovery Panel comprennent des métabolites nommés (CDT), les données spectrales livrables fournissent simplement des informations sur les ions qui ont été mesurés à partir des échantillons du client.
Pour les produits livrables non spectraux Global Discovery Panel , Metabolon utilise des outils personnalisés pour traiter les données spectrales et les transformer en métabolites nommés avec leur abondance. Ces produits livrables non spectraux Global Discovery Panel peuvent également être utilisés avec la plate-forme bioinformatique intégrée. La plateforme bioinformatique relie ces métabolites nommés à la base de données personnalisée de Metabolonsur les métabolites et aux outils qui permettent aux chercheurs de tirer parti de la vaste expérience de Metabolonen matière de biochimie pour faire avancer les objectifs de la recherche.
Les données spectrales ne seront pas utiles à tout le monde. La Table de données du client et la Plate-forme bioinformatique intégrée restent les moyens les plus utiles pour travailler avec les données métabolomiques de Metabolon.
Ces autres produits et outils (non spectraux) permettent d'obtenir des informations biologiques en fournissant des abondances de métabolites nommés qui permettent aux clients de tirer parti des connaissances et de l'expérience biochimiques approfondies de Metabolon.
Certains chercheurs peuvent apprécier les informations sur les caractéristiques des ions dans les données spectrales livrables pour répondre à une exigence de données brutes pour leur institution, leur journal ou leur organisme de financement. D'autres chercheurs peuvent vouloir utiliser les données spectrales pour exploiter les caractéristiques afin d'obtenir des informations supplémentaires par rapport à celles fournies par Metabolonqui contiennent des métabolites nommés.
Bien que de nombreux outils accessibles au public puissent être utilisés pour travailler avec des données spectrales, il est essentiel de noter que l'utilisation de ces outils pour exploiter les données afin d'obtenir des informations supplémentaires est une entreprise bioinformatique difficile qui peut donner des résultats trompeurs s'ils ne sont pas évalués de manière appropriée. C'est la raison pour laquelle Metabolon a passé deux décennies à enrichir sa bibliothèque d'identifications de niveau 1, à affiner le logiciel d'annotation des métabolites adapté à sa plateforme et à développer une plateforme bioinformatique qui fournit des informations biologiques à partir d'ensembles de données métabolomiques, et nous n'approuvons aucun outil accessible au public qui travaille avec des données spectrales.
Veuillez lire ce qui suit pour mieux évaluer votre besoin de données spectrales.
Des informations supplémentaires sur l'utilisation des données spectrales sont disponibles dans notre Guide d'utilisation des données spectrales.
Les données spectrales sont disponibles sur demande en tant que livrable supplémentaire avec les produits du Global Discovery Panel pour les contrats exécutés en 2024 et au-delà.
Les données spectrales ne sont pas disponibles pour les projets dont les contrats ont été exécutés avant 2024.
Chaque programme de recherche est unique et a sa propre façon de travailler avec les données spectrales. Parmi les utilisations courantes, citons le retraitement des données, le contrôle qualité des données, le calcul des écarts types relatifs (RSD) à partir de données techniques répliquées et l'exploitation des caractéristiques pour de nouvelles découvertes.
Il est à noter que Metabolon a déjà appliqué des protocoles rigoureux d'AQ et de CQ pour rapporter les données sur les métabolites nommés incluses dans l'autre Global Discovery Panel (tableau de données du client, carte thermique et pipeline bioinformatique intégré).
Plusieurs outils libres sont disponibles pour travailler avec les données spectrales, comme décrit dans notre Guide d'utilisation des données spectrales.
Metabolon n'utilise aucun des outils décrits dans le guide ou ailleurs.
Travailler avec des données spectrales peut s'avérer très difficile. Les étapes du traitement des données - de la sélection des pics et de l'extraction des caractéristiques à l'identification et à la vérification des composés - sont toutes pleines de défis et d'embûches qui peuvent aboutir à des ensembles de données inexacts si l'on n'utilise pas les outils et l'expertise appropriés.
Metabolon a développé des outils personnalisés, utilisés dans le cadre de protocoles rigoureux d'AQ et de CQ, qui garantissent que chacune de ces étapes aboutit à un ensemble de données exactes. C'est pourquoi nous n'utilisons pas d'autres outils couramment utilisés pour travailler avec des données spectrales.
Voir le Guide d'utilisation des données spectrales pour plus d'informations sur les outils disponibles pour travailler avec les données spectrales.
Pour les contrats qui incluent les données spectrales optionnelles, celles-ci seront disponibles pour téléchargement dans le portail du client au moment de la livraison des autres produits livrables du projet.
Les données spectrales resteront disponibles dans le portail du client pendant un an après la livraison du projet ; après cette période, elles seront stockées dans une "chambre froide" et pourront être récupérées moyennant des frais administratifs.
Notez que les données spectrales livrables peuvent avoir un volume de données important (jusqu'à 100 Go) et peuvent nécessiter des adaptations spéciales qui doivent être planifiées avec l'aide de votre équipe informatique.
Le portail client contiendra des informations sur le volume de données spectrales pour votre projet afin que vous puissiez planifier en conséquence le téléchargement et le traitement des données.
À partir de 2024, les données spectrales pourront être ajoutées aux contrats portant sur les produits du Global Discovery Panel en tant que prestation supplémentaire, sans frais supplémentaires.
Si le contrat initial du projet a été exécuté en 2024 (ou après), mais que les données spectrales n'ont pas été ajoutées en tant que produit livrable dans le contrat initial, les clients peuvent obtenir le produit livrable des données spectrales par le biais d'un ordre de modification.
Des modifications des processus et de l'infrastructure ont été nécessaires pour permettre à Metabolon de fournir les données spectrales. Les données spectrales ne sont pas disponibles pour les projets dont les contrats ont été exécutés avant 2024.
Une fois que l'on a pris la mesure de toute la valeur de la métabolomique, la seule question qui reste est la suivante : qui la maîtrise le mieux ? Si de nombreux laboratoires disposent de capacités en matière de profilage métabolique ou de chimie analytique, les technologies de métabolomique complètes sont extrêmement rares.
L'identification précise et impartiale des métabolites à l'échelle de l'ensemble du métabolome pose des défis en matière de rapport signal/bruit que très peu de laboratoires sont en mesure de relever. De plus, la transformation de quantités massives de données en informations exploitables est un processus lent, voire impossible, pour la plupart d'entre eux, car une interprétation correcte nécessite deux éléments qui font défaut : l'expérience et une base de données exhaustive.
Grâce à notre plateforme robuste et à nos outils de visualisation, nos experts sont en mesure de vous en dire plus sur votre molécule et de développer des panels d'essais pour vous aider à obtenir les résultats dont vous avez besoin.
Couverture
Capacité d'interroger des milliers de métabolites dans divers espaces biochimiques, révélant de nouvelles perspectives et opportunités.
Comparabilité
Capacité à intégrer les données de différentes études dans le même ensemble de données, dans différentes zones géographiques et chez différents patients au fil du temps.
Compétence
Capacité à informer sur la conception d'une étude appropriée, à générer des données de haute qualité, à obtenir des informations biologiques et à formuler des recommandations exploitables.
Capacité
Capacité à traiter des centaines de milliers d'échantillons rapidement et à moindre coût pour répondre à une demande en forte croissance
Demandez un devis pour nos services, obtenez plus d'informations sur les types d'échantillons et les procédures de manipulation, demandez une lettre de soutien ou posez une question sur la façon dont la métabolomique peut faire avancer votre recherche.
Siège social d'
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Siège international
Metabolon
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Allemagne
