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Su guía sobre metabolómica

Capítulo 4-La importancia de los conocimientos metabolómicos

En el capítulo anterior de esta guía, aprendió un poco más sobre los metabolitos, el metaboloma y cómo estudiar el metaboloma mediante análisis metabolómicos. Pero, ¿por qué estudiar el metaboloma en primer lugar? En este capítulo, analizaremos por qué la metabolómica es una opción atractiva a muchos niveles, y proporcionaremos una breve introducción a las aplicaciones académicas, clínicas y comerciales de los estudios metabolómicos.

¿Cuáles son algunos de los beneficios de los estudios metabolómicos?

Dado que los conjuntos de datos metabolómicos proporcionan información fenotípica, son una poderosa herramienta para añadir contexto y orientación a cualquier estudio de investigación. Por ejemplo, los estudios de cinética enzimática (que son un componente crítico del desarrollo de fármacos) pueden beneficiarse de los perfiles metabolómicos de las moléculas pequeñas (es decir, los cofactores y sustratos) que interactúan con las enzimas y afectan a su actividad, lo que ayuda a resolver los problemas de los estudios que no están funcionando como se esperaba y a orientar sobre el camino a seguir.

Los conjuntos de datos metabolómicos también pueden hacer avanzar la investigación y el desarrollo de la medicina de precisión al arrojar luz sobre las diferencias entre personas que influyen en cómo y por qué las estrategias de tratamiento funcionan o no. Puede tratarse de algo tan sencillo como la exposición diferencial a componentes ambientales, como la contaminación, que puede afectar a la eficacia de los fármacos, o de algo tan intrínsecamente único como la forma en que cada individuo metaboliza los nutrientes o los medicamentos. Megan Showalter, doctora y directora de cuentas estratégicas de Metabolon, pone un ejemplo que probablemente todos conocemos: "La recomendación mundialmente aceptada es que todo el mundo tome una determinada dosis de aceite de pescado para la salud del corazón y el cerebro, pero todos lo metabolizamos de forma un poco diferente. La metabolómica puede ayudar a determinar si diferentes personas se beneficiarán de diferentes dosis -o del aceite de pescado, punto."

Otros aspectos de los estudios metabolómicos que los convierten en una gran opción para la medicina humana -personalizada o no- son su aplicación en el diagnóstico de enfermedades de nueva generación y su potencial para el descubrimiento de biomarcadores. Ya se han identificado varios biomarcadores del cáncer mediante la metabolómica, y las muestras necesarias pueden recogerse de forma no invasiva. Las muestras de orina, aliento, sudor, saliva y heces pueden recogerse sin dolor y utilizarse para detectar una serie de enfermedades como el cáncer, las enfermedades infecciosas y las neurodegenerativas, entre otras. Estas mismas muestras pueden utilizarse también para el descubrimiento de biomarcadores, junto con la sangre. Y aunque la extracción de sangre no es no invasiva per se, desde luego es mucho menos invasiva que la biopsia tradicional de tejido sólido.

La metabolómica como parte de los enfoques multiómicos

Dado que las pequeñas moléculas detectadas mediante estudios metabolómicos pueden verse afectadas por el genoma, el transcriptoma, el proteoma y el entorno, la metabolómica es el único reflejo fiel del fenotipo en un momento dado. Cualquier cambio o interacción entre la expresión génica, la expresión proteica y el entorno puede observarse directamente a través del metaboloma, lo que convierte a la metabolómica en la más compleja e informativa de todas las técnicas ómicas.

Si bien cada enfoque ómico por sí solo proporciona información útil, la combinación de diferentes enfoques puede revelar importantes firmas biológicas y fisiológicas que pueden ayudar a dilucidar los mecanismos que subyacen a etiologías de enfermedades específicas, respuestas a fármacos y más. Para un análisis más detallado de la metabolómica en el contexto de otros enfoques ómicos y por qué la metabolómica es un componente crítico de los estudios multiómicos, consulte el capítulo 2 de esta guía.

Aplicaciones de la metabolómica

La metabolómica tiene diversas aplicaciones en los sectores académico, clínico e industrial, desde la identificación de biomarcadores de enfermedades hasta la aceleración del descubrimiento de fármacos, pasando por la ayuda a los agricultores en la selección de los cultivos más prometedores. A continuación analizamos algunas de las interesantes posibilidades que ofrece la metabolómica en cada uno de estos sectores.

Aplicaciones Metabolómicas Metabolon

Aplicaciones académicas de la metabolómica

La investigación académica, que también puede denominarse "ciencia de banco" o "investigación en ciencias básicas", sienta las bases de los conocimientos necesarios para comprender mejor los sistemas biológicos y avanzar fuera del laboratorio. Las primeras fases del descubrimiento de fármacos, la identificación de biomarcadores, las interacciones entre microbios y huéspedes en la salud y la enfermedad (para humanos, plantas y animales), etc., suelen comenzar en el laboratorio académico.

Uno de los campos de investigación más candentes en la actualidad es el microbioma humano y su papel en la salud y la enfermedad humanas. Aunque desde hace años se reconoce la posibilidad de aprovechar el microbioma humano para optimizar la salud humana, su potencial terapéutico se ha visto limitado por las lagunas de conocimiento sobre el modo preciso en que el microbioma humano interactúa con su huésped. Al añadir componentes metabolómicos a sus estudios (tradicionalmente basados en el ADN), los investigadores están empezando a comprender cómo influye el microbioma en nuestro sistema inmunitario,1 sistema digestivo,2 metabolismo,3 piel y función cerebral. Estos estudios están sentando las bases de estudios preclínicos y, con el tiempo, clínicos que harán que analizar y tratar el microbioma en la clínica sea tan común como medir la presión arterial.

La modificación de las histonas4 también es un campo de investigación académica en auge, ya que desempeña un papel integral en la vida, desde procesos biológicos básicos como la reparación del ADN hasta fisiologías complejas como la etiología de las enfermedades. Varios estudios metabolómicos han puesto de manifiesto relaciones cruciales entre los metabolitos y las modificaciones de las histonas, y cómo las fluctuaciones en estas relaciones pueden influir en enfermedades como el cáncer.5 Este tipo de investigación básica, que proporciona una comprensión mecanicista, a menudo impulsa el trabajo de descubrimiento de fármacos, para finalmente dar lugar a terapias eficaces utilizadas en la práctica clínica.

Aplicaciones clínicas de la metabolómica

Las firmas metabólicas se han utilizado clínicamente en cierta medida durante más de 30 años (y en algunos casos, incluso más). Por ejemplo: la prueba del talón realizada a los bebés tras su nacimiento detecta ciertos errores innatos del metabolismo; las pruebas de colesterol miden metabolitos lipídicos; y el efecto Warburg6 es un sello metabólico bien documentado del cáncer. Pero todas estas son pruebas o firmas aplicadas a una población global, no hay nada individualizado en ellas. Se realizan y leen exactamente igual para todo el mundo.

La metabolómica, por definición, es la medición de alto rendimiento de cientos a miles de metabolitos a la vez a partir de múltiples muestras a la vez. Esto la convierte en la herramienta perfecta para avanzar en la medicina de precisión, que tiene en cuenta las variables específicas del paciente que influyen en la salud y la enfermedad. La metabolómica ofrece una visión profunda de los metabolitos presentes en cualquier muestra en un momento dado, por lo que puede utilizarse para caracterizar las anomalías metabólicas asociadas a la enfermedad, descubrir y validar nuevas dianas terapéuticas y biomarcadores, y dictar enfoques terapéuticos personalizados para los pacientes en función de sus propios perfiles metabólicos únicos.

La metabolómica también puede ayudar a orientar las estrategias de dosificación de los ensayos clínicos y a resolver los problemas de las intervenciones fallidas. En un estudio de caso, los investigadores consiguieron convertir un ensayo de fase II fallido en un ensayo de fase III con éxito utilizando la metabolómica para rediseñar los parámetros del ensayo. En otro, la metabolómica se integró en el diseño de un ensayo clínico para que los investigadores pudieran obtener información sobre un tratamiento de precisión para la hipertensión arterial pulmonar. Estos son sólo dos ejemplos entre muchos otros.

Aplicaciones comerciales de la metabolómica

La metabolómica tiene varias aplicaciones comerciales: farmacéutica, cosmética, nutricional y agrícola. Los productos farmacéuticos constituyen una importante oportunidad para la metabolómica, que puede proporcionar información temprana sobre la toxicidad7 y la farmacocinética de los fármacos para aumentar las posibilidades de que un medicamento pase los ensayos clínicos y obtenga la aprobación reglamentaria de la FDA y la EMA. Los cosméticos también pueden beneficiarse de los estudios metabolómicos, que se están utilizando para impulsar la investigación sobre el cuidado personalizado de la piel y, al igual que los estudios de toxicidad de los fármacos, pueden caracterizar la toxicidad y la actividadde los productos cosméticos8 , un factor especialmente importante para las empresas que no experimentan con animales.

La metabolómica también puede utilizarse para ayudar a los criadores de alimentos a optimizar rasgos como el sabor9 y seleccionar las variedades con más probabilidades de éxito comercial, así como para evitar pérdidas a gran escala mediante la detección de la adulteración y la contaminación de los alimentos.10 Otros grupos de investigación y empresas están aprovechando la metabolómica microbiana para mejorar los fertilizantes, mientras que un número aún mayor está utilizando la metabolómica para comprender mejor la nutrición y abordar la desnutrición a escala mundial. También se está utilizando para impulsar la innovación en nutrición animal, lo que puede repercutir no sólo en la salud de nuestras queridas mascotas, sino también en la de los animales destinados a la alimentación (y, por tanto, en nuestra propia salud).

¿Y ahora qué?

Este capítulo sólo ha ofrecido una instantánea de las posibilidades de la metabolómica. Desde la investigación científica básica hasta la clínica y la granja, los estudios metabolómicos están impulsando la próxima ola de innovación en la atención sanitaria, la nutrición y el bienestar de personas y animales. En los capítulos siguientes, profundizaremos en las aplicaciones académicas, clínicas y comerciales de la metabolómica, analizando no sólo los descubrimientos realizados por la metabolómica, sino también cómo se diseñan e implementan los estudios metabolómicos en cada una de estas áreas.

Continuar con Capítulo 5 - Aplicaciones clínicas de la metabolómica

En el próximo capítulo, profundizaremos en las aplicaciones clínicas pasadas, presentes y futuras de la metabolómica, incluidos el diagnóstico, el cribado y la medicina personalizada.

Referencias

  1. Zheng D, Liwinski T, Elinav E. Interacción entre la microbiota y la inmunidad en la salud y la enfermedad. Cell Res. 2020;30(6):492-506. doi:10.1038/s41422-020-0332-7
  2. Vernocchi P, Del Chierico F, Putignani L. Gut Microbiota Metabolism and Interaction with Food Components. Int J Mol Sci. 2020;21(10):3688. Publicado el 23 de mayo de 2020. doi:10.3390/ijms21103688
  3. Jin Q, Black A, Kales SN, Vattem D, Ruiz-Canela M, Sotos-Prieto M. Metabolomics and Microbiomes as Potential Tools to Evaluate the Effects of the Mediterranean Diet. Nutrients. 2019;11(1):207. Publicado el 21 de enero de 2019. doi:10.3390/nu11010207
  4. Greer EL, Shi Y. Metilación de histonas: una marca dinámica en la salud, la enfermedad y la herencia. Nat Rev Genet. 2012;13(5):343-357. Publicado el 3 de abril de 2012. doi:10.1038/nrg3173
  5. Simithy J, Sidoli S, Garcia BA. Integrating Proteomics and Targeted Metabolomics to Understand Global Changes in Histone Modifications. Proteomics. 2018;18(18):e1700309. doi:10.1002/pmic.201700309
  6. Liberti MV, Locasale JW. El efecto Warburg: ¿Cómo beneficia a las células cancerosas? [corrección publicada aparece en Trends Biochem Sci. 2016 Mar;41(3):287] [corrección publicada aparece en Trends Biochem Sci. 2016 Mar;41(3):287]. Trends Biochem Sci. 2016;41(3):211-218. doi:10.1016/j.tibs.2015.12.001
  7. Ramírez T, Daneshian M, Kamp H, et al. Metabolómica en toxicología e investigación preclínica. ALTEX. 2013;30(2):209-225. doi:10.14573/altex.2013.2.209
  8. Jacques C, Jamin EL, Jouanin I, et al. Safety assessment of cosmetics by read across applied to metabolomics data of in vitro skin and liver models. Arch Toxicol. 2021;95(10):3303-3322. doi:10.1007/s00204-021-03136-7
  9. Klevorn CM, Dean LL, Johanningsmeier SD. Metabolite Profiles of Raw Peanut Seeds Reveal Differences between Market-Types. J Food Sci. 2019;84(3):397-405. doi:10.1111/1750-3841.14450
  10. Selamat J, Rozani NAA, Murugesu S. Application of the Metabolomics Approach in Food Authentication. Molecules. 2021;26(24):7565. Publicado el 14 de diciembre de 2021. doi:10.3390/molecules26247565

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