Collection d'échantillons | OMNImet™-GUT
OMNImet™-GUT de DNA Genotek, validé par Metabolon
OMNImet-GUT (ME-200) est un système tout-en-un qui permet de collecter, d'homogénéiser et de stabiliser à température ambiante des métabolites ciblés et non ciblés à partir d'échantillons fécaux.
Échantillonnage pour la métabolomique fécale
Les échantillons fécaux présentent des défis pratiques uniques, nécessitant une manipulation spéciale lors de la collecte des échantillons. Pour obtenir une stabilisation complète et atténuer les problèmes de sous-échantillonnage, les échantillons doivent être homogénéisés au moment de la collecte. Nous avons collaboré avec DNA Genotek pour fournir le premier et le seul dispositif conçu pour le stockage à température ambiante et la stabilisation des échantillons fécaux humains pour l'analyse métabolomique. Pour un processus complet de notre processus validé, téléchargez notre livre blanc.
La collecte à domicile en toute simplicité
Nous avons collaboré avec DNA Genotek pour fournir le premier et unique dispositif conçu pour le stockage et la stabilisation à température ambiante d'échantillons fécaux humains en vue d'une analyse métabolomique.
Collection facile, privée et confortable
Améliorer l'expérience et l'observance des patients grâce à l'auto-prélèvement d'échantillons de haute qualité, sans visite à la clinique ni congélation d'échantillons à domicile.
Stocker et transporter sans congélation
La solution de stabilisation exclusive de DNA Genotek protège l'intégrité de l'échantillon à température ambiante jusqu'à quatre jours, éliminant ainsi le stockage et l'expédition encombrants et coûteux de la chaîne du froid.
Validé pour la métabolomique globale de Metabolonet le panel ciblé d'acides gras à chaîne courte.
Nos études de validation ont montré qu'OMNImet-GUT protège et préserve le profil métabolomique des échantillons collectés jusqu'à quatre jours à température ambiante pour le Metabolon's Global Discovery Panelde Metabolon, qui utilise la métabolomique non ciblée, tandis que les profils des acides gras à chaîne courte (SFCA) sont conservés jusqu'à sept jours à température ambiante pour notre Panel ciblé sur les acides gras à chaîne courte (Short Chain Fatty Acids Targeted Panel).
Favorise une approche multi-omique
OMNImet-GUT a la même expérience utilisateur que les autres appareils de DNA Genotek. Il s'agit d'une méthode familière et éprouvée de collecte à domicile qui permet de mettre en œuvre de manière fiable une approche multi-omique dans le cadre de votre recherche.
Succès de l'étudeMetabolon
Les tubes OMNImet-GUT sont munis d'un code-barres pour la traçabilité des échantillons et la compatibilité avec le kit de manipulation des échantillons Study Success de Metabolon. Ils constituent une option préférentielle de Metabolon pour les échantillons fécaux humains afin d'obtenir les résultats les plus rapides et les plus fiables.
Couverture des métabolites dans les échantillons prélevés à l'aide des tubes OMNImet-GUT (ME-200)
La congélation flash à -80°C est l'étalon-or de la collecte d'échantillons fécaux, c'est pourquoi la couverture des métabolites par le Global Discovery Panel deMetabolondans les échantillons OMNImet-GUT a été comparée à cet étalon. Le nombre de métabolites détectés était similaire entre les deux méthodes de collecte(Figure 1), ce qui montre qu'OMNImet-GUT n'introduit pas de biais systématique ou d'artefacts expérimentaux et maintient un niveau de sensibilité de détection de référence pour l'analyse métabolomique.
Figure 1. Préservation de la couverture métabolomique. Des échantillons de réplicats techniques (n = 3) de chacun des 7 donneurs ont été collectés dans un dispositif de congélation flash ou dans un dispositif OMNImet-GUT (ME-200), suivi d'une congélation immédiate à -80°C. Le nombre de métabolites détectés dans tous les réplicats techniques (n = 3) des échantillons de chaque donneur est indiqué.
Figure 2. Mesure précise des métabolites individuels et des voies métaboliques. Analyse de corrélation sur n = 7 réplicats biologiques (après avoir fait la moyenne des n = 3 réplicats techniques de chaque donneur) dans chaque condition de stockage de l'OMNImet-GUT (base (T0), température ambiante pendant 1, 4 ou 7 jours (T1, T4, T7), ou congélation-décongélation) vs. congélation rapide (FF). Le coefficient de Spearman médian pour chaque classe majeure de produits biochimiques (super-voie métabolique) est représenté et le nombre de produits biochimiques dans chaque super-voie (détectés dans les échantillons surgelés) est étiqueté.
Stabilité de la métabolomique à l'aide des tubes OMNImet-GUT (ME-200)
Pour mesurer la stabilité, les métabolites ont été mesurés à 0, 1, 4 et 7 jours à température ambiante et comparés aux échantillons congelés (corrélation de Spearman). Les métabolites ont été regroupés par super-voie et les coefficients de Spearman ont été analysés. La figure 2 montre que le stockage dans OMNImet-GUT préserve la majorité des métabolites avec une grande fidélité jusqu'à 7 jours.
Validé pour le Global Discovery Panel, le panel ciblé sur les acides biliaires et le panel ciblé sur les acides gras à chaîne courte de Metabolon.
Les acides gras à chaîne courte (AGCC) sont des médiateurs clés de l'activité microbienne intestinale et jouent un rôle important dans la régulation du système immunitaire, le maintien de la barrière épithéliale intestinale et la prévention de troubles tels que le syndrome métabolique, les maladies inflammatoires de l'intestin et certains types de cancer.1 Pour tester les AGCC à l'aide d'OMNImet-GUT, des échantillons fécaux de 7 donneurs ont été conservés à température ambiante pendant des durées variables dans OMNImet-GUT. Les concentrations d'acides gras saturés dans les échantillons bruts à température ambiante ont changé de façon spectaculaire après 4 jours, alors que les échantillons d'OMNImet-GUT sont restés inchangés (Figure 3). Les acides gras saturés restent stables dans OMNImet-GUT à température ambiante pendant au moins 7 jours. Ces résultats montrent que la collecte et le stockage des échantillons dans OMNImet-GUT permettent la mesure précise de>800 métabolitespar échantillon par le Global Discovery Panel deMetabolon, ainsi que l'analyse quantitative de huitacides gras saturés.
Figure 3. Stabilité des acides gras saturés dans OMNImet-GUT. Des aliquotes d'un échantillon de matières fécales brutes regroupant 7 donneurs ont été soit laissées non stabilisées (n = 4 réplicats), soit stockées dans OMNImet-GUT (ME-200) (n = 4 réplicats, A/B/C/D) à température ambiante pendant le nombre de jours indiqué (T0 à T13), après quoi huit acides gras saturés ont été quantifiés par LC-MS/MS ciblé.
Références
1. Scrimps-Rutledge, A.C., Condreanu, S.G., Sherrod, S.D., et McLean, J.A. (2016).Untargeted Metabolomics Strategies-Challenges and Emerging Directions.J Am Soc Mass Spectrom 27, 1897-1905. http://doi.org/10.1007/s13361-016-1469-7
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