Métabolomique non ciblée

La métabolomique non ciblée est une approche puissante de génération d'hypothèses conçue pour étudier un large éventail de métabolites dans des échantillons biologiques. L'objectif est d'obtenir une vue aussi complète que possible du métabolome, ce qui est difficile en raison de la diversité des métabolites en termes de propriétés chimiques, de concentrations et de rôles biologiques. Un défi important de la métabolomique non ciblée réside dans les étapes de traitement des données et d'annotation des métabolites, qui sont longues et complexes, et qui produisent souvent des caractéristiques redondantes telles que des fragments, des adduits et des isotopes. La plateforme de métabolomique non ciblée deMetabolon relève ces défis en offrant une couverture étendue, avec une bibliothèque de référence contenant plus de 5 400 métabolites dans 70 voies biochimiques majeures. Notre pipeline de traitement de données avancé gère efficacement les caractéristiques redondantes, garantissant une identification précise des métabolites. Cette étendue et cette précision permettent de capturer des métabolites connus et inconnus, offrant aux chercheurs un instantané métabolique plus complet et la possibilité de découvrir de nouvelles informations sur les processus biologiques. Notre approche permet la détection d'un large éventail de composés, des métabolites courants aux molécules rares ou non caractérisées auparavant, ce qui maximise le potentiel de nouvelles découvertes et de génération d'hypothèses dans la recherche en métabolomique.

Les niveaux de confiance dans l'identification des métabolites sont essentiels pour garantir la fiabilité et la reproductibilité de la recherche en métabolomique. Ces niveaux, établis par la Metabolomics Standards Initiative, vont du niveau 1 (confiance maximale) au niveau 5 (confiance minimale), reflétant le degré de certitude de l'identification d'un métabolite sur la base de divers paramètres analytiques. Des niveaux de confiance plus élevés sont essentiels pour tirer des conclusions précises, en particulier dans les études complexes où une mauvaise identification pourrait conduire à des interprétations erronées des processus biologiques ou des mécanismes de la maladie.

Metabolon répond à ce besoin critique en employant une approche robuste de l'identification des métabolites, en utilisant la plus grande bibliothèque de niveau 1 de l'industrie de la métabolomique. Notre bibliothèque propriétaire, construite et curatée depuis plus de 20 ans, contient plus de 5 400 entrées, dont environ 85 % (~4 600) sont des annotations de niveau 1 à haute fiabilité. Cette situation contraste fortement avec celle d'autres fournisseurs qui annoncent souvent des bibliothèques de grande taille, mais qui s'appuient sur l'indexation de bases de données externes plutôt que sur le maintien d'une bibliothèque interne validée. De telles pratiques peuvent entraîner une augmentation des faux positifs et des faux négatifs, ce qui nuit à la reproductibilité. L'approche de Metabolon, qui combine notre vaste bibliothèque interne avec des bases de données externes soigneusement sélectionnées pour les annotations de niveau 2, améliore considérablement la fiabilité et l'interprétabilité des résultats. Cette stratégie d'identification à plusieurs niveaux garantit que les chercheurs reçoivent des informations précises et hautement exploitables pour leurs recherches scientifiques ou cliniques.

L'analyse et l'interprétation des données sont cruciales en métabolomique en raison de la complexité et du volume des données générées. Les expériences de métabolomique produisent souvent de vastes ensembles de données contenant des informations sur des milliers de métabolites, ce qui rend difficile l'extraction d'informations biologiques significatives sans outils analytiques sophistiqués. Les approches traditionnelles exigent souvent des chercheurs qu'ils utilisent plusieurs progiciels, qu'ils possèdent des compétences en codage ou qu'ils s'appuient sur les rapports statiques fournis par la plupart des prestataires de services, ce qui peut prendre du temps et limiter la profondeur de l'analyse.

Metabolon relève ces défis grâce à sa plateforme bioinformatique intégrée, qui offre une solution complète et tout-en-un pour l'analyse et l'interprétation des données métabolomiques. La plateforme intègre de manière transparente des techniques statistiques avancées et des outils de visualisation puissants, permettant aux utilisateurs de passer sans effort de l'analyse en composantes principales (ACP) à l'analyse discriminante des moindres carrés partiels (PLS-DA), aux diagrammes en volcans et à la cartographie des voies au sein d'un seul et même environnement. Cette approche intégrée rationalise le processus d'analyse et améliore la capacité à obtenir des informations biologiques significatives. L'interface intuitive de la plateforme et son architecture basée sur le cloud permettent aux chercheurs de traiter de grands ensembles de données sans avoir besoin de matériel informatique puissant, ce qui rend les données métabolomiques complexes accessibles et exploitables pour un large éventail d'utilisateurs. En fournissant cette solution unifiée et conviviale, Metabolon permet aux chercheurs de se concentrer sur la compréhension de la biologie qui sous-tend leurs données, accélérant ainsi la découverte et facilitant une recherche métabolomique plus complète.